Avec l'essor des autoroutes et des voitures particulières, le service voyageur diminua, et les lignes les moins rentables furent supprimées. Dès les années 1930, l'ITS dut se séparer de bon nombre de ses trolley urbains. Une reprise eut lieu lors de la seconde guerre mondiale avec la raréfaction des pneumatiques et de l'essence. Le 14 décembre 1945, la compagnie se sépara totalement de sa maison mère. Durant une vingtaine d'année, il continua d'assurer son service voyageur en utilisant toujours la traction électrique. Des contrats avec les postes des États-Unis contribuèrent à fournir des revenus. Au cours des années 1950, avec la domination finale de l'automobile, le service voyageur de l'IT devenait déficitaire, même après avoir acheté 2 nouvelles rames streamliners à traction électrique auprès de la St.Louis Car Company. Elles étaient capable de vitesses décentes sur le réseau campagnard bien entretenu de l'IT, mais devaient ralentir dans les nombreuses ville pour négocier les virages serrés. La vélocité de ces rames ne pouvait pas être totalement exploitée. Le service voyageur continua de décliner, et finit par disparaître le 3 mars 1956. Concernant le service marchandise, l'IT remplaça ses locomotives à vapeur par des diesels Alco S-2 et RS-1 en 1950. Mais pour ses nombreuses lignes électrifiées, l'IT se trouvait face à un dilemme à propos de la traction diesel meilleur marché. En 1954, il remisa ses locomotives électriques pour les remplacer par un parc éclectique composé de diesels Alco S2 et RS1, et d'EMD SW8, GP7, F7, et SW1200. Comme l'IT avait des voies en bon état et que la ligne avait des clients pour le fret, il fut racheté le 15 juin 1956 par un consortium composé des 11 compagnies suivantes:
- Baltimore and Ohio Railroad (B&O)
- Chicago and Eastern Illinois Railroad (C&EI)
- Chicago, Rock Island and Pacific Railroad (Rock Island or CRI&P)
- Chicago, Burlington and Quincy Railroad (CB&Q)
- St. Louis-San Francisco Railway (ou Frisco) (or SLSF)
- Gulf, Mobile and Ohio Railroad (GM&O)
- Illinois Central Railroad (IC)
- Litchfield and Madison Railroad (L&M)
- New York Central Railroad (NYC)
- New York, Chicago and St. Louis Railroad (Nickel Plate), filiale du N&W
- Wabash Railroad, filiale du N&W.
Après l'avoir rebaptisé Illinois Terminal Railroad Company, ils continuèrent collectivement d'exploiter la compagnie pour le transport de marchandise mais en traction diesel. L'Illinois Terminal Railroad déposa ses lignes électriques et abandonna une bonne partie de son réseau, particulièrement les lignes traversant les villes et villages. A certains endroits, les voies de l'IT étaient reliées à d'autres lignes adjacentes pour fournir des routes optionnelles. Durant 25 ans, de 1956 à 1981, les 9 compagnies de classe 1 continuèrent d'exploiter l'IT sur un réseau réduit au nord et à l'est de St. Louis. L'IT continua sa descente aux enfers pour se retrouver en 1968 en quasi banqueroute.
L'arrivée de E. B. Wilson à la présidence, permit d'apporter un nouveau souffle à la compagnie qui adopta un nouveau slogan “Road of Personalized Services”. A la fin des années 1960, pour faire face à la demande croissante de transport de fret, l'IT acheta les plus puissantes locomotives diesels de sa flotte: des EMD SD39s, SW1500 et GP38-2s. Pour marquer le renouveau, une nouvelle livrée jaune et rouge fit son apparition. L'IT fit l'acquisition d'une nouvelle route entre Peoria, Illinois et Decatur, et introduisit des rails soudés pour son corridor entre East St Louis et Alton. La croissance fut vertigineuse. Malheureusement la compagnie perdit son président qui avait une mauvaise santé. Dans une époque riche en banqueroutes et en fusions géantes, l'IT avec son maigre réseau n'avait pas d'avenir.
Le 1er septembre 1981, le Norfolk and Western Railway racheta les parts de ses partenaires dans l'IT, et le fusionna officiellement le 8 mai 1982.