L'ISARA-Lyon est membre :
- de la FESIA (Fédération des écoles supérieures d'ingénieurs en agriculture)
- de la FESIC (Fédération d'Écoles Supérieures d'Ingénieurs et de Cadres)
- du Pôle Agroalimentaire Rhône-Alpes Massif Central (ESTIVE)
- de l'Institut Polytechnique de Lyon (avec les écoles d'Ingénieurs CPE,ECAM,ITECH)
- de la Conférence des Grandes Ecoles
- de l'Alliance des Grandes Ecoles Rhône-Alpes (AGERA)
- du PRES (Pôle de Recherche et d'Enseignement Supérieur) "Université de Lyon"
- du Pôle de Compétitivité Européen d'innovation Fruits & Légumes (PEIFL)
- de l'Association de Coordination Technique pour l'Industrie Agroalimentaire
- de l'Association Européenne pour la coopération des régions de Montagne (EUROMONTANA)
- de TROPHELIA, concours national d'innovations en agroalimentaire, ouvert à des équipes d'étudiants.
L’ISARA-Lyon consolide ses partenariats de formation et de recherche-développement en Provence-Côte d’Azur, par une implantation à Avignon, en reprenant la direction de l’ISEMA(Institut Supérieur Européen de Management Agroalimentaire - École de la CCI de Vaucluse) et en adhérant au Pôle de compétitivité Fruits et Légumes