Le 1 juillet 1938, il fut nommé commandant de toutes les unités parachutistes allemandes de l'armée de Terre et de l'armée de l'Air.
Ainsi les troupes aéroportées allemandes furent employées pour la première fois pendant la campagne de Norvège, où elles établirent une tête de pont à Stavanger-Sola le 9 avril 1940. Mais c'est surtout lors de l'offensive lancée contre l'Europe occidentale qu'elles firent leurs preuves. L'efficacité de ses conceptions fut mise en évidence en 1940, bien que Student lui-même fût accidentellement blessé à la tête, le 14 mai 1940, à Rotterdam, aux Pays-Bas, par un tir ami. Student soupçonna qu'il fut atteint par un soldat de la Waffen-SS de la division Leibstandarte Adolf Hitler qui avait eu la gâchette trop rapide.
Il imposa à Hitler, tout d'abord peu enthousiaste, l'idée de l'invasion aéroportée de la Crète : opération Mercure
Le général Student, commandant le XIe corps, avait conçu le plan de l'opération Mercure, au cours d'une série de conférences en avril, réunissant le général Süssmann, commandant la division de parachutistes et les chefs d'état-major de la Luftwaffe et du XIe corps. Il participa, entre autres, à l'assaut aéroporté de la bataille de Crète en mai 1941.
Son plan porta ses fruits, au prix toutefois d'énormes pertes en hommes et en matériel, ce qui explique sans doute que ses projets d'attaques aéroportées sur Alexandrie, le canal de Suez et Malte ne purent jamais être de nouveau concrétisés.
Le général Kurt Student dira dans ces mémoires que la Crète est "le cimetière des parachutistes allemands" et une "victoire désastreuse".
Au printemps 1943, Student commande deux divisions de chasseurs parachutistes stationnées dans la vallée du Rhône et en Italie : la 1 division du général Heidrich et la 2 division du général Ramcke. Dès l'annonce de la chute de Mussolini, en juillet 1943, il reçoit l'ordre de mettre toutes ses unités en alerte. Il ne tarde pas à rejoindre le Generalfeldmarschall Albert Kesselring alors commandant en chef du théâtre d'opération Sud.
À la suite du succès de l'Opération Eiche (la libération de Mussolini), Student est décoré de la croix chevalier de la croix fer avec feuille de chêne (en allemand : Ritterkreuz des Eisernen Kreuzes mit Eichenlaub)
Son livre, Generaloberst Kurt Student und seine Fallschirmjäger, n'est pas traduit en français.