Les ponts du Doubs inscrits à l’inventaire national des monuments historiques sont recensés ci-après.
- Pont de Chardonnet sur le Doubs - Besançon - XX siècle
- Pont sur le Touillon - Boujailles - XVIII siècle ; XIX siècle
- Pont XVIII siècle sur le Lison - Cussey-sur-Lison - XVIII siècle
- Pont sur la Loue dit le Vieux Pont - Lods - XIV siècle ;
- Passerelle - Montbéliard - XIX siècle
- Pont de la Boucherie - Montbéliard - XVI siècle
- Pont de la Porte de la Neuve Ville - Montbéliard - XVII siècle
- Pont de la Prison - Montbéliard - XVII siècle ; XIX siècle ; XX siècle
- Pont de la Rouchotte - Montbéliard - XV siècle ; XVI siècle ; XVII siècle ; XIX siècle ; XX siècle
- Pont Armand Bermont - Montbéliard - XV siècle ; XVIII siècle ; XIX siècle ; XX siècle
- Pont du Moulin - Montbéliard - XVII siècle ; XIX siècle
- Pont des Etaux - Montbéliard - XIV siècle ; XV siècle
- Pont Sous le Châtel - Montbéliard - XVIII siècle
- Pont sur la Loue - Mouthier-Haute-Pierre - XVI siècle
- Pont sur la Loue dit le Grand Pont - Ornans - XVII siècle
- Pont sur la Loue dit Pont de Nahin - Ornans - XVII siècle
- Pont - Vaux-et-Chantegrue - XVIII siècle
- Pont sur la Loue - Vuillafans - XVI siècle
- Pont - Vuillecin - XIX siècle