Cette liste présente les cours d'eau ayant un cours d'une longueur supérieure à 30 km sur le territoire suisse.
| Nom | Longueur en Suisse (km) | Longueur totale (km) | Débit ( m/s) | Bassin versant en Suisse (km) | Commentaire |
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| Rhin | 375,5 | 1 320 | | 36494 | Sort de Suisse à Bâle, se jette dans la mer du Nord. |
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| Aar | 288,2 | 288,2 | | 17779 | Affluent du Rhin |
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| Rhône | 266,3 | 812 | | 10403 | Sort de Suisse à Genève, se jette dans la mer Méditerranée. |
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| Reuss | 164,4 | 164,4 | | 3425 | Affluent de l'Aar. |
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| Thur | 134,7 | 134,7 | | 1730 | Affluent du Rhin, confluence à Flaach. |
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| Sarine | 126,1 | 126,1 | | 1892 | Affluent de l'Aar. |
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| Inn | 106,4 | | | 2150 | Affluent du Danube, confluence à Passau (Allemagne). |
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| Tessin | 91,1 | | | 1616 | Affluent du Pô. |
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| Doubs | 84,8 | | | 1310 | Affluent de la Saône, elle même affluent du Rhône. |
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| Birse | 76,1 | 76,1 | | 924 | Affluent du Rhin, confluence à Bâle. |
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| Broye | 72,0 | 72,0 | | 854 | Affluent du lac de Neuchâtel |
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| Emme | 80.5 | 80.5 | | 982 | Affluent de l'Aar |
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| Sihl | 68,1 | 68,1 | | 341 | Affluent de la Limmat, confluence à Zurich. |
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| Rhin postérieur | 61,7 | | | | Hinterrhein en allemand. |
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| Maggia | 58,1 | | | 926 | Se jette dans le lac Majeur. |
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| Töss | 55,7 | 55,7 | | 442 | Affluent du Rhin, confluence près de Teufen. |
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| Simme | 55,4 | 55,4 | | 594 | Affluent de la Kander. |
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| Orbe | 49,9 | 49,9 | | 488 | Devient un affluent de l'Aar en se jetant dans le lac de Bienne. |
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| Sitter | 48,9 | 48.9 | | | Affluent de la Thur. |
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| Moesa | 47,2 | 47,2 | | | Affluent du Tessin |
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| Kander | 45,8 | 45,8 | 21,2 | | Cours modifié au XVIII siècle, devient un affluent de l'Aar en se jetant dans le lac de Thoune. |
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| Suze | 42,3 | 42,3 | | | Devient un affluent de l'Aar en se jetant dans le lac de Bienne. |
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| Wigger | 41,0 | 41,0 | | | Affluent de l'Aar |
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| Albula | 39.9 | | | | Affluent du Rhin postérieur |
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| Talent | 39,0 | | | | Affluent de l'Orbe, qui change de nom après la confluence en devenant la Thielle. |
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| Alter Rhein | 38,9 | 38,9 | | | |
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| Landquart | 38,4 | 38,4 | | | Affluent du Rhin |
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| Vispa | 38,0 | 38,0 | | | Affluent du Rhône, aussi nommée Viège. |
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| Aa d'Engelberg | 37,2 | | | | |
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| Linth | 37,2 | 37,2 | | | Se jette dans le lac de Zurich. |
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| Glâne | 36,9 | 36,9 | | | Affluent de la Sarine |
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| Petite Emme | 36,5 | 36,5 | | | Affluent de la Reuss, aussi appelé Kleine Emme. |
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| Julia | 36,5 | 36,5 | | | Affluent de l'Albula, confluence à Tiefencastel. Gelgia en romanche. |
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| Venoge | 36,5 | 36,5 | | | Devient un affluent du Rhône en se jetant dans le lac Léman. |
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| Limmat | 36,4 | 36,4 | | | Sort du lac de Zurich, il est parfois considéré que la Linth, le lac de Zurich et la Limmat forment le même cours d'eau. |
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| Singine | 35,7 | 35,7 | | | Affluent de la Sarine, confluence à Laupen. Aussi appelé Sense. |
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| Glatt | 35,5 | | | | |
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| Brenno | 35,0 | | | | |
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| Suhre | 34,1 | | | | |
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| Murg (Thur) | 34,1 | | | | |
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| Mentue | 33,7 | | | | |
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| Verzasca | 33,4 | | | | |
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| Plessur | 33,1 | | | | |
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| Seez | 32,7 | 32,7 | | | Devient un affluent dans la Linth en se jetant dans le lac de Walenstadt. |
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| Rabiusa | 32,5 | | | | |
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| Areuse | 31,7 | 31,7 | | | Se jette dans le lac de Neuchâtel. |
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| Wyna | 31,7 | | | | |
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| Necker | 31,6 | 31,6 | | | Affluent de la Thur. |
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| Calancasca | 31,2 | | | | |
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| Langeten | 31,1 | | | | |
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| Dranse de Bagnes | 31,1 | | | | Affluent du Rhône |
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| Arbogne | 31,0 | | | | |
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| Lorze | 30,7 | | | | |
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| Glogn | 30,7 | | | | |
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| Landwasser | 30,5 | | | | Affluent de l'Albula |
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| Bünz | 30,5 | | | | Affluent de l'Aar |
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| Petite Glâne | 30,3 | | | | Affluent de la Broye |
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