La médecine anthroposophique dit prendre en compte les bases scientifiques de la médecine conventionnelle et proposerait d’en élargir le point de vue par une approche systématiquement transversale des aspects physiques, fonctionnelles, psychiques et spirituelles.
On y considère que les niveaux d'organisations des règnes de la nature, minéral, végétal, animal se retrouvent en l’homme. A cela s’y ajoute le niveau humain proprement dit, caractérisé par la faculté de se nommer soi-même (Moi), et par la présence de la conscience se manifestant dans l’exercice de la pensée et de la parole.
Ainsi, pour la médecine anthroposophique, quatre niveaux fonctionnels doivent être considérés dans l’être humain
- L’organisation physique ou corps physique, objet de l’étude des sciences naturelles et de la biologie, qui coïncide avec ce que la médecine universitaire envisage comme structure de l’organisme humain avec ses composants cellulaires et biochimiques.
- L’organisation de vie, ou organisation des forces constructives, encore appelée corps éthérique, dont les flux et fonctions dynamiques structurent et renouvellent l’organisme physique, et que l'on rencontre dans tous les êtres vivants. Cette organisation est décrite comme une réalité agissant à partir de ses propres lois.
- L’organisation psychique ou organisation de sensibilité, encore appelée corps astral, qui impose à l’organisme vivant l’empreinte d’une organisation nerveuse (sensibilité, locomotion, comportements) et d’une organisation respiratoire, s'étendant au métabolisme (gaz du sang par exemple).
- L’organisation du Moi, qui fait accéder à la conscience de soi individuelle et qui induit des particularités physiologiques proprement humaines (telles que verticalité, langage, thermorégulation circadienne, cycles menstruels…).
Dans cette conception, la bonne santé résulte de l’interaction harmonieuse de ces quatre éléments constitutifs. La maladie est décrite comme une perturbation de leur interaction. Le diagnostic s'efforce donc d'identifier la nature des déséquilibres entre ces quatre composants.