Après avoir été capturé par Megaman, le professeur Wily croupit désormais dans une prison de haute sécurité. Mais il avait prévu le coup en dissimulant, au cas où, 4 robots dans un repère secret. Après plusieurs mois d'attente, les créations du savant fou, sans nouvelles de leur maître, s'activent et partent à sa recherche. Profitant du chaos ainsi engendré, Wily retrouve sa liberté et reprend aussitôt ses plans de conquête.
À peine s'est-il lancé à la poursuite du vil professeur que Megaman rencontre Bass, un robot d'origine inconnue au design étrangement familier. Serait-ce un allié, comme il le prétend... ou un nouvel ennemi?
Nouveaux personnages
Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
- Bass (Forte en VO) : le nouveau rival de Megaman conçu par le professeur Wily. Après s'être fait passé pour un allié, il attaque le laboratoire du professeur Light et en dérobe les améliorations destinées à Megaman, avec l'intention de s'en servir pour battre son ennemi.
- Treble (Gospel en VO) : l'équivalent de Rush pour Bass. Ce loup-robot peut fusionner avec son maître pour améliorer leurs chances de vaincre Megaman.
- Auto (Rightot en VO) : le nouvel assistant robotique du professeur Light doté d'une personnalité loufoque. Il est responsable du soutien technique de Megaman.