En l’an 19XX, Tadashi Hikari et le docteur Willy, à l’époque bon amis, ont développé ensemble un projet commun, projet qui ne fut cependant jamais terminé et laissé à la charge des générations futures.
De nos jours en l'an 200X, un mois après la destruction de Nebula et le suicide apparent du docteur Regal… Lan Hikari et ses camarades de classe vont visiter le bureau du docteur Yuichiro Hikari, le père de Lan au laboratoire scientifique. Tout à coup un groupe de mystérieux Navis prend le contrôle d’Internet tandis que des gaz soporifiques se répandent dans l’atmosphère. Des inconnus surgissent alors et confisquent tous les PET qu'ils trouvent dans la salle puis enlèvent le docteur Hikari. Lan, qui se trouvait à l’écart, caché dans le bureau de son père, assiste à la scène avant de s’évanouir. Megaman.EXE et lui ont cependant le temps et la surprise de reconnaître le docteur Regal…