Le premier ministère à caractère scientifique de la République fédérale d'Allemagne (RFA) voit le jour le 20 octobre 1955 sous le nom de ministère fédéral des Questions nucléaires (Bundesministerium für Atomfragen). Ses compétence s'accroissent aux questions énergétiques puis scientifiques, et il est renommé ministère fédéral de la Recherche scientifique (Bundesministerium für Wissenschaftliche Forschung) en 1962.
Il change de nouveau de nom en 1969 pour devenir le ministère fédéral de l'Éducation et de la Science (Bundesministerium für Bildung und Wissenschaft), mais perd une partie de ses compétences au profit du ministère fédéral de la Recherche et de la Technologie (Bundesministerium für Forschung und Technologie), créé en 1972 et auquel est rattaché, jusqu'en 1974, le ministère fédéral des Postes et des Télécommunications. Il fusionne en 1991 avec le ministère de l'Éducation de la RDA.
En 1994, les deux portefeuilles sont fusionnés dans le ministère fédéral de l'Éducation, de la Science, de la Recherche et de la Technologie (Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft, Forschung und Technologie). Les compétences technologiques sont transférées au ministère fédéral de l'Économie quatre ans plus tard, et le ministère prend le nom de ministère fédéral de l'Éducation et de la Recherche (Bundesministerium für Bildung und Forschung).