L'ensemble assez massif est composé d'absides dont les modillons représentent des têtes d'animaux et des masques, une tour domine l'ensemble
La crypte
Elle se trouve sous l'église romane supérieure du XI siècle, elle paraît plus ancienne, les piliers sont robustes, les chapiteaux sont massifs et décorés de motifs géométriques, elle a le même plan que l'église.
Le tunnel de San Virila
De la crypte on accède par un tunnel à la statue de San Virila, ancien abbé qui selon la légende resta trois cents ans à écouter le chant d'un rossignol.
Le portail Ouest
Il date du XII siècle il est richement décoré, son tympan représente le Christ entouré de Saint Paul et Saint Jean à sa gauche et Saint Pierre, la Vierge Marie à sa droite et deux autres statues que l'on ne peut identifier vu leur mauvais état de conservation. Le tympan est l'œuvre du maître Esteban. Au-dessus des arcs du portail on peut reconnaître Saint Michel chevauchant un dragon, Saintes Nulilo et Alodia qui courent vers le supplice, joyeuses. On peut reconnaître aussi les scènes de la Visitation, de l'Annociation ...
L'intérieur de l'église
Le chevet date du XIe siècle, la nef de style roman date des XIe et XIIe siècle.
Au centre de l'abside trône la statue de Sainte Marie de Leyre.
Le long du mur Nord on peut admirer une statue du Christ en croix du XIV et dans une niche fermée par une grille un coffre en bois sculpté qui est le panthéon des premiers rois de Navarre. Côté Sud un portail roman ouvre sur une petite chapelle dans laquelle se trouve un retable du XVII siècle racontant la vie des saintes Nulilo et Alodia.