Les marsouins ont fait l'objet d'une chasse au 17ème/18ème siècle pour leur graisse. Selon Diderot, « les pêcheurs pour tâcher de prendre des marsouins ont fait des rets formés de gros fils semblables à de moyennes lignes, avec des mailles de la grandeur des contremailles ou hameaux fixés par l'ordonnance de 1681 de neuf pouces en quarré; le filet a environ cinq à six brasses de chûte ou de hauteur, & quarante à cinquante brasses de longueur. Lorsque les pêcheurs apperçoivent de haute mer à la côte des marsouins dans les petites anses que forment les pointes des rochers, ils amarrent le bout de leurs filets à une des roches, & portent le reste au large avec une de leurs chaloupes, en formant une espece d'enceinte, & ils arrêtent l'autre bout du filet à une autre roche, ensorte que les marsouins s'y trouvent de cette maniere enclavés, & restent à sec sorsque la mer vient à s'en retirer; les marsouins franchissent quelquefois le filet en s'élançant, mais il faut observer qu'ils ne le forcent jamais: quand ils trouvent quelques obstacles & qu'ils ont la liberté de nager, ils tournent autour du rets qu'ils cotoyent jusqu'à ce qu'ils se trouvent à sec. »
Au XIXème siècle, le pétrole détrône l'huile de cétacé pour ses divers usages, mais au XXème siècle l'industrialisation et l'intensification de la pêche a fortement augmenté la proportion des marsouins capturés ou blessés par les filets et engins de pêche. Les marsouins souffrent aussi de la diminution de leur ressource alimentaire induite par la surpêche dans une grande partie des océans. Ils sont fortement affectés par la bioconcentration des polluants (dont certains sont aussi des perturbateurs endocriniens, à faibles doses) dans la chaine alimentaire marine.
Il est également probable qu'ils souffrent de la pollution sonore de plus en plus importante dans les océans (bruits des moteurs, ondes des sonars, puissantes ondes sonores émises des systèmes de prospection pétrolière ou géologique et autres pingers (effaroucheurs sonores posés sur les filets),
Les prises accidentelles dans les filets de pêche sont probablement devenues la première menace pour les marsouins aujourd'hui notamment en Baltique et en Manche/Mer du Nord et Atlantique nord. L'une des espèces les plus menacées de marsouin est la Vaquita, qui a une distribution limitée dans le Golfe de Californie, un domaine hautement industrialisés. Les marsouins vivant en eau douce semblent quant à eux avoir déjà disparu, dans les années 2000-2008.
Dans certains pays, les marsouins sont chassés comme nourriture ou source d'appâts de viande.
Quelques marsouins sont (rarement et difficilement) tenus en captivité dans zoos ou delphinariums, mais ils y meurent généralement rapidement, incapables de s'adapter à l'enfermement aussi facilement que les dauphins.