Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Porifera (Porifères, Spongiaires, Éponges), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
└─o Metazoa ▲ ├─o │ ├─o Epitheliozoa │ │ ├─o Homoscleromorpha │ │ ├─? Chancelloriida (éteint) │ │ │ │ │ └─o Eumetazoa ► │ │ │ └─o Calcarea ou Calcispongia │ ├─o Heteractinida (éteint) │ ├─o Thalamida (éteint) │ └─o │ ├─o Calcinea │ └─o Calcaronea └─o Silicea ├─o Hexactinellida │ ├─o Protospongioidea (éteint) │ └─o │ ├─o Dictyospongioidea (éteint) │ ├─o Dierespongioidea (éteint) │ └─o │ ├─o Hemidiscosa (éteint) │ ├─o Amphidiscosida │ └─o Hexasterophora └─o ├─o Archaeocyatha (éteint) │ ├─o Anthocyathea (éteint) │ ├─o Monocyathea (éteint) │ └─o Archaeocyathea (éteint) └─o Demospongiae ├─? Lithistida ├─? │ ├─o Keratosa │ └─o Myxospongiae └─o ├─o Haplosclerida └─o ├─o Spongillina └─o ├─o Tetractinellida └─o autres taxons └─o Poecilosclerida et Hadromerida
 Clathrina clathrus (Calcarea, Clathrinidae) |  |  Phakellia sp. |  Demospongia |
 Vue de spicules d'éponge au microscope |  Mur d'éponges en Croatie (20 m de profondeur) |
Si aujourd'hui la paraphylie du groupe ne semble plus faire question (mais dans certaines analyses, les Spongiaires constituent avec les Cnidaires le groupe-frère des Bilatériens), les avis divergent sur l'ancienneté relative des éponges siliceuses et calcaires, et sur le groupe à partir duquel les Eumétazoaires ont évolué. Au cœur du débat actuel : la place d' Eiffelia (éponge calcaire qui serait le groupe-frère des Silicisponges) et celle des Homoscléromorphes (Silicisponges qui seraient pourtant le groupe-frère des Eumétazoaires). Voir ci-dessous un cladogramme alternatif.
Les deux grandes divisions des Démosponges : Céractinomorphes et Tétractinomorphes, n'ont pas de base phylogénétique, non plus que les Lithistides et certains des ordres classiques. Nombre de familles seront aussi vraisemblablement à réviser... Quant aux Hexactinellides, elles pourraient être des Démosponges spécialisées.
└─o ├─o Archaeocyatha (éteint) └─o ├─o Stromatoporoidea (éteint - formes paléozoïques) └─o ├─? Chancelloriidae (éteint) └─o ├─o Eiffelia (éteint) └─o ├─o Calcarea └─o ├─o Hexactinellida └─o ├─o Demospongiae └─o ├─o Homoscleromorpha └─o Eumetazoa