Le refuge d'oiseaux est située sur les îles aux Perroquets et Greenly, qui sont toutes deux au nord-est du golfe du Saint-Laurent. L'île aux Perroquets est située à 2 km au nord-ouest du village de Lourdes-de-Blanc-Sablon et l'île Greenly à 2 km au sud du même village.
Le territoire a une supperficie de 5,59 km avec seulement, 1,02 km émergeant de la mer, le reste (4,57 km) étant une bande de 500 m entourant les deux îles.
Le refuge est entièrement compris dans la municipalité de Blanc-Sablon, en Basse-Côte-Nord.