Les fructifications (sporanges) sont insérées à l'aisselle des feuilles (= sporophylle) et forment dans leur ensemble un épi quadrangulaire (= strobile). Les Sélaginellacées présentent une hétérosporie et une hétéroprothallie :
- Les sporanges portés par les sporophylles à la base du strobile contiennent quatre grandes spores (jusqu'à 0,5 mm de diamètre), ce sont les macrospores (considérées comme femelles). On parle de macrosporanges.
- Les sporanges portés par les sporophylles en haut du strobile contiennent de très nombreuses spores microscopiques, ce sont les microspores (considérées comme mâles). On parle de microsporanges.
Les microspores se cloisonnent en un microprothalle (= prothalle mâle) formé d'une seule cellule végétative et d'une anthéridie. Ce prothalle reste inclus dans la spore.
Les macrospores se cloisonnent en un macroprothalle (= prothalle femelle) limité à la paroi de la spore. Ce prothalle dispose de rhizoïdes et de plusieurs archégones.