Divers problèmes ont retardé la construction des deux tours :
Le béton
Les tours étant construites en béton armé il a fallu trouver une formule de béton qui puisse résister au poids de la tour (environ deux fois plus élevé que si elles avaient été construites en acier), une formule spéciale a donc été développée (à base de silice) mais lors de la construction un test de routine du béton a démontré que la formule n'avait pas été respectée, après étude il est apparu que seul un étage avait du béton défectueux, la déconstruction de l'étage en question a donc été nécessaire pour le reconstruire avec un béton aux normes.
La sécurité
Le pont (sky-bridge) qui relie les deux tours est devenu obligatoire pour permettre l'évacuation des résidents d'une tour vers l'autre, en cas d'incendie. La durée pour hisser ce pont devait être de 20 heures mais des tempêtes tropicales et orages ont détruit le système électrique de levage plusieurs fois en trois jours, le pont est donc resté suspendu à mi-hauteur pendant plusieurs heures pendant la tempête. Le sky-bridge est composé d'un système complexe de rotules car les deux tours ne bougent pas de manière identique au vent.
L'alignement des tours
La tour numéro deux en cours de construction ne s'est pas révélée totalement verticale, penchant vers la tour numéro un, du sol jusqu'au 60 étage. Pour éviter sa déconstruction, les architectes l'ont fait pencher d'environ 20 mm dans le sens opposé, du 60 étage au 88, rétablissant ainsi la verticalité.
Occupation de l'espace par les ascenseurs
Les tours Pétronas étant de superficie relativement restreinte à chaque étage, les systèmes d'ascenseurs ne devaient pas occuper trop de place. La hauteur étant par contre disponible la société Otis a développé des ascenseurs doubles, pour aller aux étages pairs il faut prendre l'ascenseur depuis le rez-de-chaussé, pour aller aux étages impairs il faut le prendre au 1er étage (auquel on accède par un escalator).
