Les trypanosomes métacycliques inoculés par la piqûre de la glossine se multiplient d'abord sur place, autour du point d'inoculation (trypanome), puis diffuse en se multipliant, par voie lymphatico-sanguine pour atteindre enfin le LCR et le SNC. Ce cycle pathogénique est le fil directeur qui permet de maintenir l'unicité clinique de la maladie à travers des tableaux qui, en fait, ne varient que par la durée réciproque des diverses manifestations.
Aux tableaux classiques de formes de l'Ouest, à évolution torpide et pronostic moins sombre et formes de l'Est, aux signes d'atteintes nerveuses très précoces et à l'évolution fatale en 3 ou 4 mois, s'ajoute aujourd'hui, grâce aux électroencéphalogrammes, la notion que l'atteinte nerveuse, quel que soit le trypanosome en cause, est très souvent extrêmement précoce, précédant de beaucoup sa traduction clinique. C'est là une notion capitale qui montre que, seul, un diagnostic très précoce et approfondi permettra d'instaurer le traitement au stade d'efficacité réelle : avant l'atteinte nerveuse.
L'inoculation n'est révélée que rarement par la douleur de la piqûre de la glossine infectée.
L'incubation, muette, dure 10 à 20 jours.