La tUL, bien qu'elle n'ait officiellement été fondée qu'en 2000, a cependant déjà une longue histoire. Dès 1988, les deux universités mères ont entrepris de discussions en vue de coopérations diverses. En 1992, les deux universités proposèrent un programme d'enseignement Informatique / Technologie de la connaissance. Les cours étaient donnés dans les deux universités, et les étudiants devaient se rendre sur les deux campus. En 1998, un groupe conjoint belgo-néerlandais proposa la mise en place d'une université transnationale officielle, idée acceptée par le Gouvernement flamand en 1999. En 2001, une convention signée entre les ministres flamand et néerlandais de l'éducation consacra la création de la première université transnationale belgo-néerlandaise. Les programmes de Sciences biomédicales et d' Informatique / Technologies de la connaissance furent les premiers proposés par l'université. En 2002, un programme Sciences de la vie moléculaires fut également proposé. Pour son ouverture en 2001, le nombre d'étudiants était officiellement de 526, dont 220 pour la section Sciences biomédicales et 306 pour celle d’Informatique / Technologies de la connaissance.