La baisse d'activité dans le transport aérien et la construction aéronautique, qui suivirent les attentats du 11 septembre 2001, poussèrent Boeing à se désengager de la fabrication des cellules et des sous-ensembles, très exigeants en main-d'œuvre. Or, en 2005, cette industrie commençait à redémarrer, Boeing et Airbus augmentant les cadences de production et lançant la fabrication de nouveaux appareils. C'est à ce moment que la firme canadienne Onex Corporation racheta les activités liées aux avions commerciaux de Boeing à Wichita (ainsi que deux sites plus petits à Tulsa et McAlester dans l'Oklahoma), pour 1,5 milliard de dollars.
Le premier objectif du nouveau propriétaire était d'aligner les coûts de production de l'usine de Wichita sur ceux pratiqués dans le reste de l'industrie aéronautique, ce qui signifiait notamment des licenciements ainsi qu'une diminution des salaires, de la protection sociale et de divers avantages. Une réduction des coûts de dix pour cent était ainsi envisagée et 1 100 salariés sur 9 500 furent rapidement licenciés à Wichita. D'autre part, l'usine de Wichita devenait susceptible de fournir des sous-ensembles à d'autres constructeurs, en particulier à Airbus.
Spirit AeroSystems est devenu le plus important fournisseur mondial indépendant de composants et de structures d'assemblage destinés aux avions commerciaux. A Wichita, Spirit produit le fuselage, les pylônes réacteurs et fuseaux-moteurs, les dérives et stabilisateurs, les volets hypersustentateurs internes et externes ainsi que les longerons d'aile avant et arrière pour la prochaine génération de Boeing 737. La société conçoit également les sections avant, les nacelles et les pylônes des Boeing 747, 767 et 777, les becs de bord d'attaque et les poutres de plancher des Boeing 777, ainsi que les composants d'aile et de fuselage du Boeing 747.
En 2007 Spirit AeroSystems travaille également sur le programme Boeing 787 avec le commencement de la production de la section avant entièrement en matériaux composites et la conception et la fabrication des pylônes du 787.
Quant à la division Défense de Boeing à Wichita, qui n'a pas été achetée par Onex, elle a réduit ses activités à la fin de certains contrats et en raison de coupes dans les dépenses militaires. En 2006, l'effectif de Boeing à Wichita est ainsi tombé de 3 600 à 2 500 travailleurs.