Plusieurs menaces pèsent sur cette espèce, et additionnent leurs effets, expliquant une rapide régression de l'espèce ;
Destruction des habitats : La destruction ou le drainage des zones humides s'est considérablement accélérée dans la seconde moitié du XXe siècle. Elle a sans doute été très défavorable au vison d'Europe. La dégradation récente de nombreux milieux naturels (pollution, modification de la végétation...) s'est par ailleurs traduite par une baisse globale de leur capacité d'accueil pour l'espèce. Sa position de prédateur situé au sommet de la pyramide alimentaire l'expose plus que beaucoup d'autres espèces aux polluants bioaccumulés (métaux lourds, PCB, perturbateurs endocriniens ..)
Chasse et piégeage : Au début du XXe siècle, le piégeage pour sa fourrure a joué un rôle majeur dans la régression du vison d'Europe. L'espèce est protégée depuis 1976 mais des animaux sont encore parfois détruits accidentellement par confusion avec le putois, le ragondin ou le vison d'Amérique. En Bretagne par exemple, les campagnes massives de destruction de visons d'Amérique ont probablement joué un rôle important dans la disparition du vison d'Europe.
Dans les départements où le putois est classé "nuisible", il existe également un risque d'erreur d'identification par les piégeurs, notamment avec le putois lorsqu'il est de couleur sombre (dark phenotype, voir les travaux du Professeur Thierry Lodé).
Poisons : Les campagnes d'empoisonnement de rongeurs déprédateurs (dont rat musqué et ragondins qui ont pullulé depuis leur introduction en Europe il y a quelques décennies) constituent également une menace bien réelle. Le vison d'Europe peut s'intoxiquer en consommant des rongeurs ou d'autres espèces non ciblées par les campagnes d'empoisonnement mais qui ont consommé des appâts traités aux anticoagulants, et qui constituent des proies potentielles pour lui.
En France, certains département, comme la Charente ont, d'une part interdit l'utilisation de carottes empoisonnées, d'autre part proposé aux piégeurs de munir gratuitement leurs pièges d'une "trappes à vison d'Europe" permettant à ce vison de s'en échapper alors que les ragondins et les visons d'Amérique sont trop gros pour passer.
Roadkill : De nombreuses infrastructures routières sont également meurtrières. Même si le nombre total de visons d'Europe victimes de mortalité par collisions routières est difficile à estimer, tout facteur de mortalité s'exerçant sur des populations fragiles et fragmentées peut conduire rapidement à une situation irrémédiable.
Fragmentation de l'habitat et des populations : Dans les années 2000, plusieurs études ont montré que le déclin des populations de mustélidés en Europe, et tout particulièrement du vison d'Europe dans l'ouest de la France est au moins pour partie induit par le morcellement des populations, même là où le milieu n'a pas apparemment changé, ou pas globalement changé (Cf Roadkill, pression du piégeage, fragmentation écologique, dégradation des rivières, pesticides, etc.).
