Comme tous les aéroports, cette infrastructure est source de pollution sonore, de dérangement, de pollutions diverses et d'émissions de gaz à effet de serre (au décollage surtout).
Sa construction a contribué à la régression de l'arganeraie quasiment endémique du Maroc.
Alors qu'elle régresse en termes de superficie et surtout de densité sur tout son territoire: (elle est passée en 50 ans de 100 arbres/ha à 30 arbres/ha, tandis que les superficies couvertes régressaient en moyenne de 600 ha par an, la construction de l'aéroport et de son réseau routier (route le reliant à Agadir) ont détruit plus de 1000 hectares des plus beaux massifs forestiers d'arganier d’Admin et de Mseguina.
L'aéroport est relié au centre-ville d'Agadir par une voie rapide éclairée.
La station de taxi se trouve à la sortie du terminal des arrivés. Les taxis sont disponibles 24 heures/24 et 7 jours/7 et sont identifiables à leur enseigne et à leur numéro de taxi. La durée du trajet est de 20 minutes entre l'aéroport et le centre-ville d'Agadir et coûte 150 dirhams (200 dirhams après 19h00).
L'aéroport est desservi par les Bus N°22 qui font le trajet Aéroport-Inezgane. La ville d'Inezgane est par ailleurs reliée au centre-ville d'Agadir par les Bus N°20, N°24 et N°28.