Agaléga est géré par une compagnie de l’État mauricien, l’Outer Island Development Company (compagnie de développement des îles lointaines), OIDC. Cette compagnie délègue un Resident Manager, sorte d’intendant, qui est l’autorité suprême sur les deux îlots. L’économie de l’archipel est principalement basée sur l’exploitation d’huile de coco.
Au début du mois de décembre 2006, le journal Times of India publia une série d'articles expliquant que La République de Maurice proposait de transférer temporairement les Agalegas à l'Inde au travers d'un bail de longue durée visant à développer les infrastructures touristiques.
La politique mauricienne étant construite autour d'équilibres des différentes communautés ethniques tels que les créoles francophones et les Indo-Mauriciens, les Créoles se sont opposés à cette proposition.
Dans une interview accordée au Times of India, le vice-premier ministre mauricien, Xavier-Luc Duval, lui-même issu d'un groupe ethnique créole, a nié que le gouvernement mauricien ait cherché à céder ou louer les îles à l'Inde.
La compagnie Air Mascareignes qui envisageait de desservir Agaléga dans le cadre du projet de sa maison-mère Ireland Blyth Limited a du abandonner en septembre 2008, ne pouvant pas disposer de la ligne comme prévu en premier lieu.