Les hypothèses de cette méthode relèvent de la somatotopie neuro-anatomique qui permettrait de construire des représentations topiques cutanées des différents organes du corps sur le pavillon de l’oreille, reconstituant grossièrement l’image d’un fœtus inversé (tête dans la zone du lobule, rachis et membres sur les branches de l’anthélix et la gouttière de l’hélix, viscères dans la conque). Selon Nogier, l'atteinte d’un organe se traduirait sur l’oreille, par l’apparition de zones douloureuses à la pression selon cette métamérisation et de perturbations de la résistance électrique de surface détectables à l’aide d’appareils spécifiques. Et selon le docteur Bourdiol, il existerait de façon quasi constante une action sur l’organe en cas de puncture ou stimulation de la zone auriculaire correspondante chez l’homme et l’animal.
Les mécanismes de cette action seraient sous-tendus par une convergence neuronale, réunissant, d’une part, les influx en provenance de l’organe malade, et, d’autre part, ceux qui proviennent des zones cutanées auriculaires.
Certaines hypothèses s'intéressent à l'apparition de perturbations thermiques localisées et spécifiques au pavillon auriculaire en réponse à des stimulations cutanées périphériques. Il est envisagé un rôle thermorégulateur de ces zones auriculaires sur la thermogenèse profonde des organes.
D'autres hypothèses étudient les modifications réflexes inconscientes du battement de la pulsation artérielle via stimulation des points auriculaires. Paul Nogier a découvert ce signal mais c'est le Professeur Pierre Magnin qui l'a batipsé V.A.S. (Vascular Autonomic Signal). Ce signal ouvrirait une dimension diagnostique par son observation.