Après sa mort, une controverse éclata autour des théories de Bettelheim, et sur sa personnalité même. Bien que dans l'ensemble ses collaborateurs à l'école orthogénique l'aient trouvé brillant et admirable, deux anciens patients, et le frère d'un ancien patient, révélèrent qu'ils voyaient en lui un tyran aux idées rigides et dénué d'autocritique. Plusieurs associations de parents d'enfants perturbés s'appuyèrent sur ces témoignages pour promouvoir d'autres méthodes thérapeutiques, notamment les thérapies comportementales et cognitives. Ainsi l'ouvrage collectif "Le Livre noir de la psychanalyse" éd. Les Arènes 2005. Psychanalysé par le praticien viennois Richard Sterba, Bruno Bettelheim se posait à la fois comme un fidèle des idées freudiennes et comme un éducateur. Il professait que, sans fondement organique démontré et en l'absence d'autre traitement humainement acceptable (la lobotomie était encore pratiquée aux Etats-Unis dans ces années-là), l'autisme pouvait être réceptif à la psychothérapie. De son expérience des camps, il avait acquis la conviction que sans une pédagogie centrée sur un milieu voué à l'écoute de l'enfant, ses angoisses et ses besoins, aucun enfant perturbé ne pourrait trouver les bases sur lesquelles construire une personnalité harmonieuse. Les camps de concentration ayant été pensés pour anéantir le moi, un environnement stable, lisible et positif pourrait à l'inverse créer les conditions favorables à son édification. La question de l'influence réelle du milieu familial sur l'avènement d'une pathologie est beaucoup plus incertaine, dans la réalité et dans ses écrits. Bruno Bettelheim a bien repris le terme créé par Léo Kanner de « mères réfrigérateurs » mais il faut considérer cette formule malheureuse comme une manière de mettre en évidence les difficultés d'être des « parents acceptables » comme le titre d'un de ses livres le souligne. D'autres pédagogues, analystes, psychiatres ou non, réduisirent ce point de vue à une accusation contre les parents et la mère en particulier. La faveur de l'hypothèse d'une origine organique de l'autisme, origine « non encore identifiée » et certainement multiple, a pris le pas sur la vision - bien ou mal interprétée - de Bettelheim. Les thèses organicistes ont de ce point de vue l'avantage d'évacuer cette question familiale et sociale. Vingt ans après la mort de Bruno Bettelheim, trente ans après qu'il eut cessé d'exercer, ni les neurosciences ni les nombreuses études visant à mettre en évidence un déterminisme génétique à l'autisme n'ont apporté de réponse concluante aux questions que pose cette grave et à ce jour incurable maladie mentale.
Il faut noter la fidélité de la grande majorité des anciens patients et des anciens thérapeutes de l'École Orthogénique. Plus de trente ans après que Bruno Bettelheim eut pris sa retraite, près de cent d'entre eux se sont spontanément réunis à Chicago, pour se retrouver (les 21 et 22 mai 2005). Ils ont notamment longuement visité leur ancienne École, qui est restée un centre de traitement pour enfants et adolescents perturbés. Ils n'ont pas convié les journalistes, et sont venus de toute l'Amérique, et même d'Europe pour se retrouver, en toute sérénité et loin des polémiques. Voir le documentaire consacré l'un de ses anciens patients "A la recherche de Stephen Eliot", Clef de Bronze au Festival International de Lorquin en 2004, qui raconte comment cet enfant schizophrène devint banquier à Wall Street (Centre National de Documentation Audiovisuelle en Santé Mentale).
Des éléments de la biographie de Bruno Bettelheim et de ses résultats ont été contestés par Richard Pollack, journaliste, frère d'un ancien patient de l'Ecole orthogénique, mort accidentellement chez ses parents aux cours de vacances.