Le navire fut réquisitionné par la Kriegsmarine le 25 août 1939. Il resta à quai dans le port de Gotenhafen, baie de Danzig (mer Baltique), Prusse-Orientale, servant de logement flottant aux troupes de la Kriegsmarine.
En 1942-1943, un film de propagande nazie y fut tourné, Titanic.
En 1944, il reçut l'ordre de transporter des civils et des soldats entre Gotenhafen et Copenhague, mais ses turbines tombant en panne, il fut remorqué et réparé dans un chantier naval scandinave. Il fut restitué en mauvais état à la compagnie Hamburg-Süd le 14 avril 1945.
Le même jour du 14 avril, Heinrich Himmler donne l'ordre de faire disparaître les déportés avant l'arrivée des Alliés.
Le 4 mai, les Alliés libèrent donc un camp de Neuengamme vide, bien qu'il ait reçu 106 000 déportés à partir de 1938. C'est le gauleiter, chef SS du district de Hambourg, Karl Kaufmann qui fit diriger les déportés vers Lübeck, où se trouvaient le Cap Arcona et deux navires plus petits, le Thielbek et l'Athen, ainsi que le Deutschland.
Les capitaines du Cap Arcona, Heinrich Bertram, et du Thielbek, John Jacobsen, sont informés des projets nazis le 18 avril. Jacobsen est déchu de son commandement le 19. Dès le 20 commence l'embarquement sur les navires de 11 000 déportés arrivés à Lübeck entre le 19 et le 26 avril, malgré les protestations de la Croix-Rouge suédoise.
L'officier SS Gehrig ordonne au capitaine de l'Athen, Fritz Nobmann, d'embarquer 2 300 déportés accompagnés de 280 SS et kapos et de les transférer au Cap Arcona, ancré à 4 km au large. Nobmann refuse, puis menacé de mort, s'exécute. Mais le commandant Bertram refuse le transbordement et l’Athen doit repartir au port. Ce n'est que le 26 sous la menace d'un jugement sommaire que Bertram doit se résoudre au transfert.
Sous le commandement du SS Kirstein, les gilets de sauvetage sont enlevés, alors que bancs et banquettes (possibles radeaux) sont stockés dans les cales, ce qui ne laisse aucun doute sur les projets allemands de couler le navire avec ses occupants. En plusieurs voyages jusqu'au 30 avril, 6 500 déportés et 600 gardes sont amenés sur le Cap Arcona, où ils survivent dans des conditions atroces. On compte plusieurs dizaines de morts chaque jour. Le 30, des prisonniers sont enlevés du navire tant la surpopulation exaspère même les SS et en raison d'un accord avec la Croix-Rouge pour exfiltrer les déportés français vers les hôpitaux suédois. Mais arrivés du camp de concentration de Stutthof, 500 nouveaux déportés arrivent à Lübeck.
Le 3 mai, alors que des sous-marins allemands se préparent à torpiller les navires-prisons, des chars britanniques arrivent dans la ville et un avion de reconnaissance repère les navires. Deux officiers britanniques écoutent le rapport terrifiant de la Croix-Rouge et promettent d'agir, mais il est trop tard pour détourner l'attaque lancée par la RAF.