Créées par la circulaire n° 91-304 du 18 novembre 1991 sur la base existante des classes de perfectionnement (qui accueillaient les « débiles mentaux »). Leur fonctionnement a depuis été modifié par la circulaire n° 2002-113 du 30 avril 2002 et puis par la circulaire n° 2006-051 du 27 mars 2006 (faisant notamment suite à la loi n° 2005-102 du 11 février 2005 sur le handicap) qui précise notamment les relations avec la MDPH. Les changements majeurs entre classe de perfectionnement et CLIS consistent dans :
Les CLIS ont pour objectif d'aider les élèves à poursuivre une scolarité en milieu ordinaire. Elles suivent les programmes scolaires des cycles 1, 2 et 3, en fonction des capacités des élèves et des dispositifs possibles.
La scolarisation de l'élève de CLIS s'articule autour du Projet Personnalisé de Scolarisation (PPS), élaboré par l'équipe plurisdisciplinaire de la mdph, notifié par la CDA et mise en oeuvre en équipe de suivi de scolarisation (ESS), regroupant tous les partenaires gravitant autour de l'élève : enseignant référent, parents, enseignant, thérapeutes (SESSAD, CMP, CMPP, CPEA, CAMSP,..., thérapeutes en libéral), partenaires sociaux, familles d'accueil, ... Le PPS doit être notifié par la CDA.Les EP s'appuyent le plus souvent sur les remarques et les propositions des ESS qui connaissent l'enfant, mais ce n'est pas une obligation. C'est une composante du plan de compensation du handicap prévu par la Loi du 11 février 2005. Ce projet est élaboré en fonction des besoins de l'élève. Chacun tente alors de répondre aux besoins de l'élève par des objectifs visés dans son domaine : pour l'enseignant dans la classe et l'école. L'enseignant s'appuie sur les programmes de l'école primaire dans lesquels il puise des objectifs à viser pour chaque élève concernant les apprentissages. L'enseignant de CLIS essaye également de mettre en place des intégrations individuelles dans les autres classes de l'école, en général dans des domaines dans lesquels les élèves sont en réussite.
En fonction de paramètres liés à sa classe et des différents projets personnalisés de scolarisation, l'enseignant élabore un projet de classe pour l'année scolaire. Les nouvelles orientations qui pourraient alors avoir lieu dans cette classe devraient prendre en considération le projet de classe.