La bibliothèque Alberto Nepomuceno de l'École de musique est la première et une des plus importantes bibliothèques musicales du Brésil. Son fonds, témoin inestimable de la mémoire musicale brésilienne, se constitua peu à peu, enrichi par les donations de professeurs, élèves et musiciens, et comprend aujourd'hui environ cent mille ouvrages, parmi lesquels de nombreuses œuvres des grands compositeurs brésiliens. Outre les livres et les partitions, la Bibliothèque recèle de nombreux documents historiques, des périodiques, des documents iconographiques ainsi que des enregistrements sonores.
L'École de musique est divisée en sept départements :
Comme pour tout établissement d'enseignement supérieur au Brésil, l'enseignement dispensé à l'École de musique est accessible par l'obtention du baccalauréat brésilien.