Il existe un musée au cœur même de l'église Sainte-Madeleine, faisant de ce bâtiment un lieu tout à fait exceptionnel. En effet, l'édifice comporte un espace musée s'étendant sur trois salles d'exposition, retraçant l'histoire de Battant et la vie religieuse de Besançon. On peut y voir une collection de paramentique remarquable ainsi que divers objets évoquant la tradition viticole ainsi que les personnages célèbres qui ont marqué ce quartier de leur identité. À noter cependant que le musée est ouvert uniquement pour les groupes et associations.