L’INSAE, en tant qu'établissement public, comporte comme organes de direction : une Direction générale, un Comité de direction et un Conseil d’administration.
Le Conseil d’administration est composé de sept membres désignés conformément aux textes de loi régissant les offices à caractère social, culturel et scientifique, après avis du Conseil National de la Statistique pour les membres proposés par ce dernier. Les membres du Conseil d’administration sont nommés par décret pris en conseil des ministres pour une durée de 3 (trois) ans sur proposition du Ministre de tutelle. Le fonctionnement du conseil d’administration est régi par son règlement intérieur qu’il adopte et amende à la majorité des deux tiers de ses membres.
Il est composé de :
Le Conseil d’administration se réunit au moins deux fois l’an. Sa session budgétaire ne peut intervenir qu’après la session annuelle du Conseil national de la statistique qui arrête le programme statistique national dont celui de l’Institut. Il examine les bilans financiers et les comptes de gestion de l’institut et vote son budget, lesquels sont soumis à l’approbation du Conseil des ministres.
Elle est dirigée par un Directeur général assisté d'un Directeur général-adjoint, et comporte les unités suivantes :
Elle assure la tutelle technique des services départementaux ou régionaux de la statistique appartenant au ministère chargé du Plan.
Le Comité de direction est un organe consultatif de la Direction générale. Il est composé du Directeur général qui assure sa présidence, du Directeur général-adjoint qui en est le vice-président, des directeurs techniques, du Directeur administratif et financier et de deux délégués du personnel élus en assemblée générale du personnel. Le Directeur administratif et financier en assure le secrétariat. Une note de service du Directeur général précise le règlement intérieur du comité.
Le Comité est consulté pour les décisions importantes, telles que l’élaboration du budget de l’Institut et sa politique générale. Il est réuni à la diligence du Directeur général qui lui soumet un ordre du jour. Il peut également être réuni à la demande de la majorité absolue de ses membres.