La Commission de géographie du Québec a donné son nom à un des Monts Torngat (1 261 mètres) qu'il avait exploré en 1950.
Depuis 1980, le prix Jacques-Rousseau est décerné par l'ACFAS à une personne ou à une équipe qui a largement dépassé son domaine de spécialisation et qui a établi des ponts novateurs entre différentes disciplines.
L'école secondaire Jacques-Rousseau à Longueuil et la circonscription de Rousseau ont été nommés en son honneur.