Les idées de Brunhes sont très à contre-courant du mouvement général lorsqu'il définit en 1910 ses Principes de géographie humaine de la France, ouvrage qui sera augmenté en 1912 et en 1925, où s'échelonnent plusieurs niveaux de perception des phénomènes spatiaux : d'abord la géographie des nécessités vitales (exploitation de la terre), ensuite la géographie sociale et enfin la géographie historique et politique. Sa méthode s'ordonne autour de trois séries de « faits essentiels » :
Cette classification s'inspire de l'idée de surface et vise les objets par lesquels s'y manifeste l'action de l'homme. Cette géographie humaine a reçu un accueil très mitigé de la part des vidaliens, très sceptiques quant à cette approche qui privilégie les œuvres humaines matérielles dans leur dimension culturelle et historique (l'architecture et le génie rural par exemple) au détriment de la vision plus totalisante et abstraite défendue par la géographie jacobine de l'École normale de Paris. C'est la conception brunhienne qui prévaudra avec l'École des annales et avec ses travaux comme les Caractères originaux de l'histoire rurale française de Marc Bloch.