Il a pris position à de nombreuses reprises dans le débat public, en particulier depuis le mouvement étudiant contre le CPE en 2006. Il avait alors pris parti contre l'occupation des universités, selon lui « illégale et scandaleuse » et considérait que les étudiants se comporteraient en « enfants gâtés » qui croient que « tout leur est dû ». Ces critiques avaient inspiré l'ouvrage Jeunes on vous ment, sorti quelques semaines après la fin du mouvement. Il rappelait qu'un étudiant à la Sorbonne dispose d’un espace de 2,6 m², alors qu’un poulet de Bresse dispose de 10 m², et en rendait responsables « l'étatisation du système » ou « le blocage de toute réforme par les syndicats ». Ce livre a suscité des réactions très négatives chez certains syndicats.
Il appuie également ses demandes de sélection sur la dénonciation d’« étudiants fantômes » qui à l’en croire « profitent du nom et de la réputation de l'établissement à son détriment », dérive contre laquelle la seule solution est selon lui l'augmentation des frais d'inscriptions.
Ces prises de position lui ont valu le qualificatif de « réac ».
Il a annoncé en mars 2007 qu'il pourrait demander le statut de « Grand établissement » comme l'Université de Paris-Dauphine si les réformes sur l'autonomie, la sélection ou les droits d'inscription ne voyaient pas rapidement le jour.
En 2007, il avait plaidé pour que la loi relative aux libertés et responsabilités des universités aille plus loin, en particulier en matière de sélection des étudiants, les universités étant « mûres pour l’autonomie ». Si ces engagements lui ont valu d'être « connu pour son engagement à droite », il fit les frais de sa mésentente avec les maîtres de conférence, les personnels administratifs et surtout les étudiants, perdant la présidence de l'Université de Paris IV Sorbonne le 14 mars 2008 au profit du Professeur Georges Molinié, classé à gauche par son soutien à Ségolène Royal durant la campagne présidentielle française.