La direction pédagogique est assurée par le proviseur, La CPE et le directeur de primaire, personnels titulaires de l'Éducation Nationale et nommés par la France.
Le lycée est géré financièrement par la "Asociación Civil Franco Peruano", association à but non lucratif fondée en 1989. Son conseil d'administration est composé de 9 membres, dont deux parents d'élèves élus annuellement et le président de l’APAFA. La " Asociación Civil Franco Peruano " est propriétaire du terrain et des locaux.
Etablissement de droit privé péruvien, le lycée Franco Péruvien, d'une part, est reconnu par le Ministère Péruvien de l'Education comme un établissement expérimental biculturel et bilingue et, d'autre part, fait partie du réseau d'enseignement français à l'étranger. Au cours de l'année scolaire 2005/2006, ils sont 429 à assurer la formation de 235 000 élèves, dont 80 000 Français dans plus de 125 pays sous l'autorité de l'AEFE (Agence pour l'Enseignement Français à l'Etranger).
Le Lycée Franco-péruvien répond aux grandes orientations définies par le ministère de l'éducation nationale et l'AEFE, à savoir:
Le lycée Franco-péruvien présente cette originalité de regrouper dans les mêmes lieux 4 unités pédagogiques complémentaires: une école maternelle, une école primaire, un collège et un lycée d'enseignement général.
Cette diversité permet de choisir l'orientation la mieux adaptée aux possibilités des élèves. Ces derniers peuvent préparer un des trois baccalauréats français (Littérature, Sciences Economiques et sociales, scientifique) dans les mêmes conditions qu'en France et obtenir l'équivalence de leurs études au Pérou.
Le succès de cet établissement provient de cinq particularités qui constituent autant de points forts: