Le Mérion élégant a été décrit officiellement pour la première fois par l'ornithologue John Gould en 1837. Le nom d'espèce vient du latin elegans signifiant « élégant ». Il avait situé l'espèce sur la côte est de l'Australie, mais a réalisé son erreur en voyant les collections rapportées ultérieurement par John Gilbert du sud-ouest de l'Australie. L'ornithologue amateur Gregory Mathews décrit en 1916 les oiseaux des forêts méridionales de karris comme une sous-espèce, sur la base du plumage plus sombre des femelles. Toutefois, il n'a pas été suivi par les autres ornithologistes et le consensus s'est fait sur l'absence de sous-espèce. En fait, au sein de l'espèce, il y a peu de variations dans la taille ou la couleur entre les populations ou les individus.
C'est l'une des 13 espèces du genre Malurus, connues communément sous le nom de mérions, rencontrées en Australie et dans les plaines de Nouvelle-Guinée. Dans le genre Malurus, il appartient à un groupe de quatre espèces très semblables, appelées collectivement mérions à épaules châtains. Les trois autres sont le Mérion ravissant (M. amabilis) du cap York, le Mérion de Lambert (M. Lamberti) dispersé sur la plus grande partie du continent, et le Mérion à gorge bleue (M. pulcherrimus) vivant dans le sud de l'Australie-Occidentale et la péninsule d'Eyre. Des études moléculaires ont montré que le Mérion à gorge bleue était le parent le plus proche du Mérion élégant.
Comme les autres mérions, le Mérion élégant n'est pas apparenté avec les troglodytes. Au départ, on croyait le mérion membre d'une famille d'oiseaux de l'Ancien Monde, comme les Muscicapidae ou les Sylviidae avant d'être placé dans la nouvelle famille des Maluridae en 1975. Plus récemment, une analyse d'ADN a montré que leur famille était apparentée aux Meliphagidae, aux Pardalotidae et aux Petroicidae (merles australiens) dans une superfamille : les Meliphagoidea.
Dans sa monographie de 1982, l'ornithologue Richard Schodde propose une théorie sur l'origine nordique du groupe des mérions à épaules châtains, en raison de la présence de diverses espèces dans le nord et de leur absence dans le sud-est du continent. Selon lui, les ancêtres des mérions ont migré vers le sud et colonisé le sud-ouest au cours d'une période plus chaude et humide, il y a environ deux millions d'années, à la fin du Pliocène ou au début du Pléistocène. Par la suite, des conditions climatiques plus fraîches et plus sèches se sont accompagnées d'une réduction de la taille de l'habitat et d'une fragmentation des populations. Le groupe du sud-ouest a donné naissance au Mérion élégant tandis que celui du nord-ouest du continent est devenu le Mérion de Lambert. Une période plus chaude et plus humide a de nouveau autorisé des oiseaux à se propager vers le sud. Le groupe qui s'est alors formé et qui occupe le sud de l'Australie centrale et la péninsule d'Eyre, est à l'origine du Mérion à gorge bleue. Une période plus froide va isoler le groupe et le faire ainsi évoluer vers une espèce distincte. Enfin, après la fin de la dernière période glaciaire, il y a 12 000-13 000 ans, le Mérion de Lambert va une nouvelle fois migrer vers le sud. Il en a résulté des chevauchements des territoires de chacune des trois espèces. D'autres études moléculaires pourraient devoir faire modifier cette théorie.