Les effets indésirables les plus fréquents associés à la prescription du métoclopramide sont les suivants: agitation, somnolence, vertiges, et / ou des maux de tête. Les effets indésirables plus rares sont les suivants: effets extrapyramidaux (crises oculogyres, torticolis spasmodiques, dyskinésies bucco-linguales, trismus), l'hypertension, l'hypotension, l’hyperprolactinémie qui conduit à la galactorrhée, diarrhée, constipation, et dépression. Les effets indésirables rares, mais graves associés au traitement par le métoclopramide sont : l’agranulocytose, la tachycardie supraventriculaire, l’hyperaldosteronisme, le syndrome malin des neuroleptiques et / ou la dyskinésie tardive.
Le risque d’effets extrapyramidaux sont plus élevés chez les jeunes adultes (<20) et les enfants. Le risque de dyskinésie tardive et d'effets extra-pyramidaux est plus important en cas de doses thérapeutiques élevées et en cas utilisation prolongée. Les dyskinésies tardives régressent habituellement à l’arrêt du traitement mais peuvent persister et devenir irréversibles chez certains patients.