Les immenses volées tournoyantes de mouettes tridactyles sont très connues des pêcheurs, auxquels elles signalent, par leurs cris et leurs manèges, la présence de bancs de poissons.
Les populations de mouettes tridactyles européennes ont subi depuis les années 1990 une régression modérée. Les principales menaces pesant sur l'espèce sont la diminution des ressources en nourriture, notamment en raison de la surexploitation des ressources maritimes par l'homme, mais aussi la pollution marine par les hydrocarbures. Cette espèce est de plus chassée au Groenland.
Cette espèce est protégée en France par l'arrêté du 29 octobre 2009, mais aussi en Belgique, ainsi que dans toute l'Europe par la Convention de Berne, en annexe III. Elle est aussi protégée en Amérique du Nord par la Convention concernant les oiseaux migrateurs.
Elle est classée par l'IUCN dans la catégorie LC (préoccupation mineure) du fait de sa population importante et de sa grande aire de répartition.