Les haricots constituent, avec le maïs et la courge, l'une des trois cultures, pratiquées traditionnellement chez les Amérindiens, appelées les trois sœurs. Il se sont répandus dans le reste du monde depuis la découverte de l'Amérique par Christophe Colomb en 1492 où ils se sont souvent substitués à d'autres légumineuses.
L'archéobotanique fait remonter le début de la culture du haricot à environ 9000 ans dans les Andes. Il était cultivé il y a 7000 ans en Amérique centrale et des haricots retrouvés au Pérou ont pu être datés d'il y a 8000 ans.
Ce sont cinq espèces de Phaseolus qui ont été domestiquées, car cinq lianes ancestrales sont apparues dans des niches écologiques en Amérique centrale et en Amérique du Sud. Il s'agit de :
Ces lianes à petits grains ont été domestiquées et sélectionnées afin d'augmenter la taille des graines, diminuer la tendance des gousses à s'ouvrir spontanément à maturité, choisir les couleurs des grains. Le haricot rouge, variété de Phaseolus vulgaris L., a ensuite été particulièrement cultivé et les Aztèques comme les Incas s'en servaient pour le paiement des tributs.
Il était connu dans toute l'Amérique, des sépultures de l'Arizona et de l'Utah en renfermaient et Jacques Cartier en a découvert en 1535 à l'embouchure du Saint-Laurent.
Trois centres de domestication ont été reconnus :
La première découverte du haricot par un Européen est le fait de Christophe Colomb à Cuba en 1492. Il rapporte dès son premier voyages des graines qu'il nomme faxones et fabas. Il est cultivé dès le milieu du XVIe siècle. D'après Emmanuel Le Roy Ladurie, Pietro Valeriano sème en 1528 le faginolo importé du Pérou que lui a confié le pape Clément VII. Valeriano est surpris par son rendement et ses qualités culinaires. Catherine de Médicis aurait reçu quelques grains lors de son mariage en 1533 et les aurait rapportés en France où ils auraient été cultivés dans les jardins du château de Blois. En 1564, le haricot se retrouve à Vienne en provenance d'un monastère de Lisbonne et un bail à terme de 1594 est établi à Cavaillon pour la culture de fayoux..
Après la Fronde le faviol ou mongette devient un produit de grande consommation.
Divers documents sur les denrées vendues sur les marchés retrouvent le haricot dès 1652 à Carpentras, 1672 à Béziers, 1693 en Charente (mercuriale de Cognac) et en Vendée.
Au milieu du XVIIIe siècle, le haricot est présent dans des recettes du nord de la France.
Son origine reste longtemps controversée, même si l'abbé Rozier affirme dans son ouvrage de 1784 qu'il arrive d'Amérique ou des Grandes Indes. Stanislas Martin le déclare originaire d'Asie à l'académie de pharmacie de Paris en 1853 et l' Encyclopédie pratique de l'agriculteur de 1877 le fait venir d'Inde. La découverte d'espèces anciennes dans des tombes au Pérou amène Alphonse de Candolle dans l'Origine des plantes cultivées à défendre l'origine américaine. L'entomologiste Jean-Henri Fabre en a apporté une preuve concrète. Alors que le haricot n'est pas attaqué par les bruches spécifiques des légumineuses de l'Ancien monde, il raconte dans ses Souvenirs entomologiques comment il a observé l'arrivée par les Bouches-du-Rhône de la bruche du haricot (Acanthoscelides obtectus), redoutable ravageur des grains de haricots entreposés. Celle-ci, d'origine américaine elle aussi, anciennement installée en Espagne, s'est répandue en France au cours de la première moitié du XXe siècle.