Dès le début le caractère oncogène des rétrovirus a été observé. C'est ainsi qu'en 1908 le virus de la leucémie aviaire (ALV) a été transmis d'un poulet à un autre par les Danois Vilhelm Ellerman et Oluf Bang après transfert de tissus infectés. En 1911 c'est au tour de Peyton Rous de mettre en évidence le virus du sarcome de Rous (RSV), qui contrairement à l'ALV, induit une tumeur quelques semaines après l'infections, contre plusieurs mois pour l'ALV.
Mais il faudra attendre plus de quarante ans pour observer un rétrovirus chez les mammifères avec la découverte du virus de la leucémie murine (MLV) en 1957 par Ludwik Gross et enfin 1981 pour la découverte du HTLV-1 par Robert Gallo, faisant de ce virus le premier rétrovirus humain identifié. Très rapidement d'autres virus sont identifiés : HTLV-2 en 1982 et surtout le VIH en 1983.
La découverte de ce dernier et la pandémie que l'on connaît depuis, a poussé les institutions de recherches publiques et privées, ainsi que l'industrie pharmaceutique, à faire des rétrovirus les virus les plus étudiés au monde. Une nouvelle classe d'antiviraux a été mis au point s'attaquant à des particularités des rétrovirus et sont appelés antirétroviraux.
On classe les rétrovirus en deux grandes catégories :
Seul les rétrovirus exogènes sont formellement classifiés par l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) et sont regroupés dans deux sous-familles :
Ces deux sous-familles comprennent au total sept genres : Alpharetrovirus, Betaretrovirus, Gammaretrovirus, Deltaretrovirus, Epsilonretrovirus, Lentivirus et Spumavirus.
Selon un aspect infectieux, les rétrovirus sont classés dans trois catégories :
L'ADN de toutes les espèces, mammifères y compris, sans doute depuis des millions d'années, comporte des gènomes viraux laissés par des virus, probablement à l'occasion d'une infection de cellules germinales puis éternellement dupliqués avec l'ADN, de génération en génération. L'expression de ces gènes est normalement inhibée par une protéine spécialisée dite « KAP1 », dès le début de l'embryogenèse.
L'étude des rétrovirus endogènes est d'enjeu médical, car ils peuvent être source de diverses maladies (dont cancers) quand leur génome est exprimé, malgré les protections naturelles mises en place au cours de l'évolution.
Des manipulations génétiques ont montré que l'on pouvait utiliser des rétrovirus pour amener des gènes particuliers dans une cellule humaine. Les chercheurs espèrent ainsi introduire dans l'ADN de personnes atteintes de déficiences génétiques héréditaires les gènes qui leur font défaut. On pourrait ainsi infecter positivement un organisme humain et le guérir de maladies génétiques. Une maîtrise totale de ces techniques pourrait à long terme permettre de réintroduire dans le génome humain, les gènes déficients communs à l'espèce humaine comme ceux permettant de synthétiser certaines vitamines (vitamine C par exemple), les acides aminés essentiels, les acides gras essentiels. Ces nutriments devant, actuellement, être obligatoirement apportés par la nourriture.