Le xénon peut être stocké sans risque dans les conditions normales de température et de pression dans des containers en verre ou en métal scellés. Cependant, il se dissout rapidement dans la plupart des plastiques et des caoutchoucs, et peut fuir graduellement si les bouchons des containers sont en ces matières. Le xénon n'est pas toxique, bien qu'il puisse se dissoudre dans le sang et fasse partie des substances qui peuvent franchir la barrière hémato-encéphalique, entrainant une anesthésie partielle ou totale lorsqu'il est inhalé dans des concentrations importantes. Parmi les composés du xénon, beaucoup sont explosifs et toxiques du fait de leur pouvoir oxydant marqué.