Construit sur un remblai de la Baie de Tōkyō, l'aéroport d'Haneda ouvre en 1931. À cette époque, il est l'aéroport principal du Japon et dessert des vols vers le Japon, la Corée et la Mandchourie. En 1939, on rallonge la piste principale et construit une deuxième piste de 800 m. En 1945, l'armée américaine prend possession de l'aéroport et le renomme Haneda Army Air Base. Opérant comme aéroport militaire, Haneda reçoit ses premiers vols internationaux en 1947 quand la Northwest Orient Airlines (devenue Northwest Airlines puis rachetée par Delta Air Lines) commence ses vols vers les États-Unis, la Chine, la Corée du Sud et les Philippines. Japan Airlines effectue son vol domestique en 1951. En 1952, l'armée américaine retourne une partie de la base militaire au Japon, cette portion devient officiellement Tokyo International Airport. Plus tard en 1958, l'armée américaine restitue le reste de la base militaire au Japon.
Durant les années 1950, les compagnies aériennes européennes commencent à desservir Haneda, la BOAC opérant avec des de Havilland Comet depuis Londres via la route du Sud en 1952 ainsi que SAS opérant avec des DC-7 depuis Copenhague via Anchorage en 1957. Japan Airlines et Aeroflot commencent des vols entre Haneda et Moscou en 1967. Durant la même période, d'autres compagnies aériennes commencent à desservir Haneda, la Pam Am, Sabena, Swissair, Canadian Pacific Airlines, Cathay Pacific et Air Siam.
Construit à temps pour les Jeux olympiques d'été de 1964, le monorail relie Haneda au centre-ville de Tōkyō, la même année. En 1970, une nouvelle piste et un terminal international sont construits mais la demande et le trafic continue d'augmenter. Le gouvernement japonais refuse une nouvelle expansion dans la Baie de Tōkyō due aux coûts et problèmes d'ordre technique et on décide donc de construire un nouvel aéroport pour répondre à croissance des vols internationaux. En 1978, le New Tokyo International Airport (maintenant Narita) ouvre et relègue les vols domestiques et quelques vols internationaux d'Asie à Haneda.
En mai 2010, le Département des Transports des États-Unis accorde aux compagnies aériennes américaines, American Airlines, Delta Air Lines et Hawaiian Airlines de voler vers Haneda en octobre 2010.
