Il a reçu plus de 100 prix et récompenses. Des timbres ont été publié en son honneur.
Outre le prix Nobel de chimie en 1999, ses travaux décisifs lui ont valu de nombreuses distinctions prestigieuses dont le prix Wolf en 1993, la médaille du Collège de France en 1995, le prix Deybe et le NAS Award in Chemical Sciences en 1996, le prix Robert A. Welch en 1997, la médaille Benjamin Franklin et le prix Lawrence en 1998, le prix Röntgen en 1999, le prix Jean Perrin dont il a été le premier récipiendaire en 2001.
Son pays l'Égypte lui a décerné en 1999 sa plus haute distinction en le faisant membre de l'Ordre du Grand Collier du Nil.
En 2010, il est docteur honoris causa dans plusieurs universités de par le monde comprenant les États-Unis, l'Angleterre, la Suisse, l'Égypte, la Belgique, l'Australie, le Canada, l'Inde, l'Italie, l'Écosse, la Corée, la Suède, la France, la Chine, le Mexique, l'Irlande, le Japon, le Liban, et l'Argentine et occupe des postes honorifiques en sciences, arts, philosophie, loi, médecine, et littérature.
Il est par ailleurs membre d'académies et de sociétés nationales et internationales, y compris la National Academy of Sciences, de la société philosophique américaine, de l'Académie pontificale des sciences, de l'académie européenne des arts, des sciences, et des sciences humaines, membre étranger de la Société royale de Londres (1998), de l'académie russe des sciences, de l'Académie royale des sciences de Suède, de l'Académie des sciences de la Malaisie, et de l'académie française des sciences. Il détient la chaise honorifique à l'université des Nations unies.