Le mâle et la femelle sont fidèles à leur territoire. Certains observateurs croient que membres de cette espèce sont monogames et que les couples sont parfois unis pour la vie. Les parades nuptiales, sous forme de piqués et festons peuvent débuter dès le mois de décembre. L'aire sera ensuite bâtie ou rechargée en branchages dans une falaise sous un surplomb, plus rarement dans un arbre.
Chaque année en mars ou avril, la femelle pond de 1 à 3 œufs (souvent deux) blanchâtres tachetés de brun. Ils sont pondus à deux ou trois jours d'intervalle, ce qui espacera également les éclosions puisque la femelle commence à couver dès la ponte du premier œuf. La durée d'incubation varie de 41 à 45 jours. La femelle assure l'essentiel ou la totalité du temps de couvaison tandis que le mâle chasse pour la nourrir et défend le territoire.
La plupart du temps un seul jeune survit : durant la deuxième quinzaine de vie, le plus fort (souvent le premier éclos) agresse et finit par tuer le plus faible sans que la concurrence alimentaire ne le justifie, on parle de caïnisme. Si le premier né est un mâle et le deuxième une femelle, généralement plus grosse qu'un mâle, la compétition est plus équilibrée et les deux jeunes peuvent parvenir à l'envol.
Passé l'âge de 11 semaines l'aiglon effectue son premier vol, mais reste au voisinage de l'aire. Ensuite il suit les adultes qui tuent des proies pour lui. À l'automne, avant de recommencer un nouveau cycle reproductif, les adultes poussent le jeune à partir. Celui-ci entame alors une période d'erratisme, c’est-à-dire qu'il parcourt de vastes territoires, visitant souvent des régions à la faune riche comme la Camargue ou le delta de l'Ebre. Il ne devient adulte qu'entre 4 et 6 ans. Il peut tenter de se mettre en couple dès la deuxième année, mais n'obtient alors qu'une probabilité de succès reproductif très faible.