En 1850, il fut architecte en chef du département des Côtes-du-Nord (aujourd'hui Côtes-d'Armor) et de la ville de Saint-Brieuc : Il conservera ses fonctions jusqu'en 1878. En 1850, il fut, en outre, conservateur des édifices diocésains de Vannes et de Saint-Brieuc, successeur de Louis Lorin (1781-1846). Il fut remplacé en 1856. Il fut aussi architecte du dépôt d'étalons de Lamballe, de 1848 à 1859.
A Saint-Brieuc, il a construit le grand séminaire, rue de la gare, aujourd'hui détruit, le lycée des Cordeliers, aujourd'hui Anatole Le Braz et le Palais de justice, inauguré le 12 avril 1863.
Il a eu un fils prénommé Alphonse Marie François, (1852-1917), qui fut élève de l'École des beaux-arts et de Honoré Daumet ainsi qu'inspecteur des édifices diocésains de Saint-Brieuc avant 1879.
Alphonse Guépin fut également le cousin germain du médecin, homme politique et écrivain Ange Guépin.