Espèces actuelles
D'après la classification de référence (version 2.2, 2009) du Congrès ornithologique international (ordre phylogénique) :
Fossiles
Il existe également une espèce fossile, le Manchot de Ridgen (A. ridgeni), dont on a retrouvé des fossiles datant de la fin du Pliocène, il y a environ trois millions d’années, en Nouvelle-Zélande. Des études portant sur le comportement du manchot et sur ses caractéristiques génétiques ont conclu que le genre Aptenodytes est à la base de l’arbre phylogénétique des manchots. Des ADN mitochondriaux et cellulaires ont permis d’estimer l’apparition de cette branche à environ 40 millions d’années avant notre ère.
Taxons désuets
Plusieurs espèces furent décrites dans le genre Aptenodytes, avant d'être déplacées dans la classification. Tel est le cas pour :
- Le Manchot pygmée (Eudyptula minor), de protonyme Aptenodytes minor
- Le Manchot papou (Pygoscelis papua), de protonyme Aptenodytes papua
- On peut également rencontrer Aptenodytes taeniata, devenue une sous-espèce du Manchot papou