Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Archaeplastida (Plantae, Archéplastides), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Archaeplastida │ ├─o Glaucophyta ou Glaucocystophyceae ► └─o Metabionta ├─o Rhodophyta ► └─o Chloroplastida ou Chlorobionta ou Viridiplantae ├─o Chlorophyta s.s. ► └─o Streptophyta ou Charophyta s.l. ├─o Zygnematophyceae ► └─o Plasmodesmophyta ou Streptophytina ├─o Charophyceae └─o Embryophyta ├─o Marchantiophyta ou Hepaticophyta ► └─o Stomatophyta ├─o Bryophyta ► └─o Tracheophyta ou Tracheobionta ├─o Lycophyta ou Lycopodiophyta ► └─o ├─o Monilophyta │ ├─o Psilotidae │ └─o │ ├─o Filicophyta ou Polypodiidae ► │ └─o Equisetophyta ou Sphenophyta ► └─o Spermatophyta ├─o │ ├─o Cycadophyta ► │ └─o │ ├─o Pinophyta ou Coniferophyta ► │ └─o Ginkgoales └─o Magnoliophyta ou Angiospermae ►
 Orchis longicornu (Monocotyledoneae, Asparagales, Orchidaceae) |  Drosera capensis (Eudicotyledoneae, Polygonales, Droseraceae) |  Cactus géants, Bolivie (Eudicotyledoneae, Polygonales, Cactaceae) |  Grimmia pulvinata (Bryophyta, Grimmiaceae) |
 Encephalartos woodii (Cycadophyta, Zamiaceae) |  Sequoia sempervirens (Pinophyta, Cupressaceae), Redwood National Park (Californie) |
Dans l'arbre ci-dessus, les principales questions qui font débat sont :
Concernant les Embryophytes, l'arbre présenté ici suit assez fidèlement la synthèse des derniers travaux, présentée par l' Angiosperm Phylogeny Website.
Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également les niveaux traditionnels de classification (règnes, phyla, classes, etc.).
L'analyse portait essentiellement sur les organismes à plastes, les Discicristés, Straménopiles et Alvéolés se retrouvant à l'intérieur d'un vaste clade rendant les Archaeplastida paraphylétiques. Les Rhodophytes seraient la lignée la plus proche de la base des Bicontes (sous réserve de la place indéterminée des organismes sans mitochondrie). La place des Rhizariens n'est pas évoquée.
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Archaeplastida.