La mise à jour du système d'exploitation (OS Update) ne peut se faire qu'avec l'assistance d'un ordinateur par port USB 1.1. Actuellement tous les modèles issus cette série possèdent la version 2.00, excepté pour le modèle fx-9860G Slim qui n'en est encore qu'à la version 1.10 et dont la mise à jour a été retirée par les constructeurs (certaines fonctions présentent des incompatibilités avec la plate-forme informatique telles que le rétro-éclairage).
La question des mises à jour du système remet en question l'intégrité et la durabilité des modules (Add-Ins), c'est pourquoi ces derniers possèdent et font appel à une table de pointeurs correspondant à toutes les fonctions de l'API. Cette table des appels systèmes commune à toutes les versions du système se trouve à l'adresse 0x80 010 070. Il est à noter cependant que certains pointeurs renvoient à des chaînes de caractères et non fonction, ce qui peut causer des comportements inattendus s'ils étaient appelés.
D'un point de vue bas niveau, l'ensemble des appels systèmes (system call ou syscall) suit les normes de Renesas c'est-à-dire quatre arguments dans les registres r4 à r7 puis une pile d'arguments additionnels :
mov.l numéro_appel_système, r0 mov.l appel_système, r2 jmp @r2 nop appel_système: .long 0x80010070
Développement
Outre la programmation classique en langage interprété type BASIC, Casio met à disposition des développeurs depuis le 22 janvier 2007 un kit de développement (SDK) basé sur le langage C permettant une exploitation approfondie du processeur à travers l'utilisation de modules, nommés Add-In. L’interopérabilité et les performances des applications ont ainsi permis l'implémentation d'un module de calcul formel, nommé Computer Algebra System (CAS), développé par les utilisateurs même ou encore du populaire interpréteur Multi-Platform Language for Calculators toujours en cours de développement.
Exemple de programme en langage interprété type BASIC, calcul pseudo-récursif de la fonction factorielle :
1→X:?→N↲ Lbl 0↲ If N>0↲ Then X×N→X↲ N-1→N↲ Goto 0↲ Else X↲ IfEnd