Un groupe de Jaffas commandés par le Goa'uld Apophis passe la porte en direction de la Terre, tue plusieurs hommes et en capture un soldat.
Le général Hammond fait revenir le colonel Jack O'Neill au SGC pour lui demander des explications ; O'Neill révèle que la porte sur Abydos n'a pas été détruite et que le docteur Jackson s'y trouve toujours.
Le colonel O'Neill, le capitaine Carter, le major Kawalsky et le major Ferretti sont envoyés pour enquêter sur Abydos.
Peu après leur arrivée, Sha're (la femme de Daniel) et Skaara sont enlevés vers Chulak et sont sélectionnés pour devenir des hôtes Goa'uld. On pense à ce moment qu'il ne reste rien de l'hôte d'un Goa'uld.
Le programme "Porte des Étoiles" est réactivé, et les premières équipes SG sont formées, dont SG-1, composée du colonel O'Neill, du capitaine Carter, de Daniel Jackson et Teal'c, un Jaffa qui a renoncé à servir Apophis.
Kawalsky est parasité par un symbiote Goa'uld enfant, et malgré une opération chirurgicale pour tenter de lui enlever, Kawalsky est tué devant l'impossibilité de s'échapper de la Terre. Le Goa'uld ayant utilisé le code d'activation de la porte que seul l'hôte pouvait connaître, l'espoir de récupérer les hôtes renaît.
L'équipe SG-1 rencontre indirectement les Asgards, une race technologiquement très avancée ayant appartenu à l'alliance des quatre races, les Nox, une race humanoïde pacifique également ancien membre de l'alliance des quatre races et les Tollans.