La diphtérie était autrefois pandémique. Elle était encore la plus grande cause de mortalité infantile à la fin du XIX siècle avec des dizaines de milliers de cas chaque année (encore trois mille morts par an en France en 1924).
C'est suite à une grave épidémie de diphtérie en Touraine en 1818, que Pierre Bretonneau publie en 1826 à Paris , Des inflammations spéciales du tissu muqueux et en particulier de la diphtérite, ou inflammation pelliculaire, connue sous le nom de croup, d'angine maligne, d'angine gangréneuse, etc. ouvrage contenant la première description complète de la maladie ( c'est également Bretonneau qui utilisa le premier le nom de diphtérite ).
Le bacille qui cause la maladie est découvert par Théodor Klebs en 1883 et isolé par Friedrich Löffler en 1884. Ce bacille est appelé Corynebacterium diphtheriae ou bacille de Löffler-Klebs.
En 1888, Roux précise que le bacille est l'unique cause de la diphtérie . En 1889, confirmant une conjecture de Löffler, il démontre avec Yersin que la maladie n'est pas provoquée directement par le bacille, mais par la toxine qu'il produit . Dans le prolongement de ces travaux, il s'attache au développement systématique de diagnostics bactériologiques, tant à des fins cliniques que statistiques . Grâce aux travaux de Behring, qui , en 1890,démontre avec Kitasato la présence d’antitoxines dans le sang de patients se remettant de la diphtérie, Roux et ses collaborateurs mettent au point une méthode de traitement curatif en 1894 , la sérothérapie qui fera tomber la létalité de 40 % à 2 %. La même année, William Park et Anna Wessels Williams mirent au point un procédé pour produire une toxine 500 fois plus virulente que celle utilisée par les européens : ramenant le coût de la production d'antitoxine à un pour cent de ce qu'il était, ce procédé -encore exploité aujourd'hui- rend possible une vaccination massive .
S'inspirant d'une suggestion faite par Theobald Smith en 1907 , Behring propose en 1913,un vaccin contre la diphtérie basé sur un mélange de toxine et d'antitoxine: efficace en laboratoire , il s'avère inefficace sur le terrain . C'est Gaston Ramon qui développera le premier vaccin efficace en 1923 grâce à des toxines rendues inactives : l’anatoxine diphtérique apportera une protection efficace ( mais n'a aucun impact sur la circulation de la bactérie elle même). Les laboratoires Connaught ,au Canada ,auraient été les premiers à réaliser sur le terrain des essais d’immunisation par l’anatoxine diphtérique, qui permirent d’en démontrer l’efficacité.
En France, la vaccination antidiphtérique se développera d'abord dans les collectivités d'enfants puis deviendra obligatoire au service militaire en 1931. La loi du 25 juin 1938 ( modifiée 7 septembre 1948 puis le 12 août 1966 ) étendra cette obligation à toute la population Française.
Un célèbre cas d'épidémie de diphtérie se déroule en 1925, en Alaska, dans la ville de Nome. N'ayant pas de vaccin, elle demande de l'aide et Anchorage envoie le sérum jusqu'à Nenana, située à plus de 1000 km de Nome, faute de chemin de fer. Plusieurs attelages de chiens de traineaux s'élancent alors pour aller chercher le sérum. Le premier arrivé à Nenana est Gunnar Kassen, dont l'équipe de huskys est dirigée par le chien Balto.
Mac Leod (JW) différencie le bacille diphtérique en « mitis » et « gravis », auquel il ajoute en 1933 un groupe « intermedius ».
En 1975 , l'OMS publiait un document intitulé "Quelques problèmes non résolus dans la Diphtérie" .