La loi organique du 19 mars 1999 relative à la Nouvelle-Calédonie donne la compétence de l'enseignement primaire public à la Nouvelle-Calédonie (programmes, sous réserve de la compétence des provinces pour leur adaptation en fonction des réalités culturelles et linguistiques, formation des maîtres et contrôle pédagogique).
Les compétences de l'enseignement secondaire public (sauf la réalisation et l'entretien des collèges, déjà de compétence provinciale), de l'enseignement privé (primaire et secondaire), de l'enseignement agricole et de la santé scolaire relèvent de l'État (selon les dispositions prévues par l'article 21-III) jusqu'à leur transfert à la Nouvelle-Calédonie décidées par le Congrès local à la majorité des 2/5 (l'article 26) durant les mandatures 2004-2009 ou 2009-2014. Après obtention de certaines garanties notamment financières de l'État, qui conserve la gestion des diplômes nationaux, la définition des programmes, adaptables localement par le Territoire ou, déjà depuis 1989, par les Provinces, et la qualification des enseignants, le vote du Congrès a adopté le transfert à l'unanimité le 1 décembre 2009 : la Nouvelle-Calédonie assurera à compter du 1 janvier 2012, outre la possibilité d'adapter les programmes nationaux, le pilotage du système éducatif du secondaire et du privé : répartition des moyens humains et financiers mis à sa disposition, organisation des structures de concertation et d’expertise nécessaire, définition de l’offre de formation, des orientations pédagogiques, des conditions de scolarisation, de la carte scolaire, de l’orientation et l’affectation des élèves, de l’accompagnement pédagogique des maîtres du 1 degré, de la construction, de la rénovation et de l’entretien des lycées et enfin de l’organisation de la santé scolaire.
Selon l'article 27, le Congrès peut également, à partir de 2009, adopter une résolution tendant à ce que lui soit transférée, par une loi organique ultérieure, la compétence de l'enseignement supérieur.
Les compétences des collectivités locales sont de plus :
- communes : gestion des fournitures scolaires et frais de fonctionnement des écoles primaires (cantines, transports notamment), la construction et l'entretien des écoles primaires et gestion du personnel municipal en exercice dans celles-ci.
- provinces : gestion administrative des instituteurs et professeurs des écoles, établissement de la carte scolaire, octroi de bourses, aides scolaires et subventions, l'adaptation des programmes aux réalités culturelles et linguistiques (dans le domaine de l'enseignement des langues kanak ou les programmes adaptés en histoire, géographie, éducation civique et arts plastiques notamment), gestion des internats et construction et équipement des collèges.
Les compétences exercées dans ce domaine par la Nouvelle-Calédonie (à ce jour, uniquement le primaire public, et plus tard à partir de 2012 le secondaire public et l'ensemble du privé) dépendent de la Direction de l'Enseignement de la Nouvelle-Calédonie (DENC) au sein du Gouvernement local, et celles relevant encore de l'État sont gérées par un vice-rectorat. La formation initiale des instituteurs et la formation continue des enseignants du primaire sont assurées par l'Institut de formation des maîtres de Nouvelle-Calédonie (IFMNC), établissement public géré par le Gouvernement local, et les professeurs des écoles (dont la compétence de la formation dépendant pourtant bien de la Nouvelle-Calédonie) et du second degré par l'IUFM du Pacifique.