Le bâtiment
Bien placé à proximité du port, ce sanctuaire est tout d’abord excentré par rapport à la vieille ville, puis, du fait de l’extension de la ville ordonnée par Louis XIV en 1666, s'est trouvé au centre de la nouvelle agglomération. L'église des Augustins n’avait pas de façade monumentale et était enchâssée dans des constructions particulières situées à l'est près du port. La porte principale s'ouvrait au nord, au niveau d'une cinquième travée aujourd'hui disparue et donnait sur la rue des Augustins, ruelle coudée à angle droit face à l'entrée de l’église. Cette rue des Augustins est l'actuelle rue de Beausset et ne doit pas être confondue avec l’actuelle rue des Augustins qui n'existait pas à l'époque et qui est située de l'autre côté de l'église, au sud de celle-ci.
Accueil des confréries
Sous l'ancien régime, plusieurs corporations utilisaient l'église des Augustins pour célébrer leurs cérémonies patronales. Ainsi la confrérie des boulangers, fourniers en provençal, possédait dans cette église, une chapelle dont l'acte de fondation est du 5 juillet 1489. Leur patron, Saint Honoré, était fêté le 16 mai.
La confrérie des forgerons avait un autel dédié à Saint Éloi fêté le 1er décembre. Elle regroupait également les maréchaux à forge, les selliers, bridiers et carrossiers. Les portefaix, prédécesseurs de nos dockers, firent construire un autel dédié à Saint Pierre. Cet apôtre a été choisi par leur corporation parce qu'il est représenté portant les clés du paradis, tandis que les portefaix portent les richesses de ce monde.
Les auffiers faisaient leurs dévotions dans cette église. Ils avaient le privilège de faire tremper leurs auffes ou sparteries, dans la mer au vallon qui porte depuis leur nom (Vallon des Auffes). Leur fête avait lieu le premier dimanche de mars. Les ferblantiers qui avaient pour patron Saint Jean Facond dont la fête avait lieu le 12 juin se réunissaient également dans cette église. Il en était de même pour les savetiers avec Saint Loup pour patron fêté le 29 juillet.
Un lieu de sépulture
La diffusion de l'inhumation dans les églises s’est traduite par l’établissement de nombreux caveaux dans l’église des Augustins. Il y avait environ cent quinze caveaux dans le sous sol de la nef auxquels s'ajoutaient ceux des religieux situés près de l'autel et ceux appartenant à des familles nobles ou aux confréries établis dans les chapelles latérales.