Fondation de la confrérie
Il existait plusieurs confréries de Pénitents bleus à Rome. Une confrérie des Pénitents bleus de Saint-Jérôme a été fondée à Paris par Henri III.
Henri III avait comme aumônier en 1569 le Père jésuite Edmond Auger. Le père Auger avait été auprès d'Henri à la bataille de Jarnac et lui avait prédit sa victoire, puis après l'édit de Saint-Germain, il avait favorisé les groupements de fidèles catholiques pour diffuser la réforme morale dans la société en s'inspirant des flagellants du Midi de la France ou des confréries de pénitents italiennes. Il devint son confesseur en mars 1583 et aida le roi à créer plusieurs confréries de Pénitents à Paris après avoir aider à créer celles de Toulouse, Lyon et Dôle.
Le roi avait fait un voyage à Avignon entre le 25 novembre 1574 et le 10 janvier 1575. Un peu avant Noël, le roi étant à Avignon, il alla, pieds nus, un cierge à la main, "à la procession des Battus, et se fait le confrère de leur confrérie. La reine mère, comme bonne pénitente, en voulut être aussi et son gendre le roi de Navarre, que le roi disait en riant n'être guère propre à cela. Il y en avait de trois sortes audit Avignon, de blancs qui étaient ceux du roi, de noirs qui étaient ceux de la reine mère; et de bleus qui étaient ceux du cardinal d'Armagnac".
On attribue la fondation des confréries de Pénitents à Toulouse au zèle de Jean-Étienne Duranti (né à Toulouse en 1534 - resté fidèle au roi Henri III, il devait être tué le 10 février 1589), premier président du parlement de Toulouse le 4 septembre 1588.
La Confrérie des Pénitents Bleus a été fondée en 1575 pour perpétuer de saints exercices "pour demander à Dieu l'extirpation de l'hérésie, la conservation de la sacrée ersonne du roy et pour l'heureux succès de ses Armes". Elle est créée en l'"honneur de Dieu crucifié, ressuscité, immolé sacramentellement dans l'adorable Eucharistie, sous la protection de la Sacrée Vierge sa mère Assompte, et sous l'invocation du glorieux Pénitent saint Jérôme, de saint Louis roi de France et de sainte Marie-Madeleine."
La confrérie doit permettre d'associer tous les hommes de qualité qui le demandent et d'être un exemple pour le peuple. Le premier confrère a été le cardinal Georges d'Armagnac. Parmi les fondateurs il y a eu le cardinal François de Joyeuse, le cardinal Thomas I de Bonsi, évêque de Béziers, Pierre de Villars , évêque de Mirepoix puis archevêque de Vienne, Nicolas de Villars, archidiacre d'Auch puis évêque d'Agen Miche de Sabateri, abbé de Saint-Sever, Antoine de Tholosani, commandeur puis général de l'Ordre de Saint-Antoine de Vienne, Jean de La Barrière, fondateur de l'Ordre et congrégation Notre-Dame des Feuillants, Antoine de Saint-Paul, fondateur de la Chartreuse de Toulouse, Antoine Scipion de Joyeuse, Lieutenant du roi, Henri de Joyeuse, comte du Bouchage, puis duc et pair de France avant de devenir capucin, Jean-Étienne Duranti, Pierre du Faur de Saint-Jory, François de Clary, tous les trois ayant été Premiers présidents au parlement de Toulouse.
La première assemblée de la confrérie se tient le 29 septembre 1575 dans la chapelle du collège Saint-Martial de Toulouse. Elle procéda le même our à l'élection des officiers, Antoine de Saint-Paul, nommé Prieur, et le prêtre Gabriel Guiraudet, Vice-Régent.
L'année de sa fondation, le cardinal d'Armagnac, archevêque de Toulouse, autorise la confrérie à s'installer au Prè-Montardy, dans une église inoccupée appartenant aux religieux de Saint-Antonin de Vienne.
Elle combat les hérésies par la prière, la pénitence et les processions qui servent aussi à raffermir les catholiques jugés trop modérés. À ses débuts, la confrérie compte surtout parmi ses membres des étudiants du collège Saint-Martial où le Père Edmond Auger, rédacteur des statuts de la confrérie, professait. ^ L'assassinat du duc et du cardinal de Guise à Blois sur ordre du roi les 23 et 24 décembre 1588 va amener le parlement de Paris à confirmer le décret dela Sorbonne sur la déchéance du roi Henri III. La plupart des parlements de province vont suivre le mouvent. Pour répondre à cette déchéance par les parlements, le roi décida de transférer les parlements dans des villes qui lui sont restées fidèles. Dans le Languedoc, à Carcassonne puis à Béziers.
Après le meurtre de Jean-Étienne Duranti, premier président du parlement de Toulouse, qui était resté fidèle au roi , la confrérie s'est rapprochée de la Ligue et s'éloigne du roi. Toulouse soutient alors la Ligue catholique. À cette époque la confrérie va recruter des ligueurs notoires comme Christophe de Lestang et François de Caumels. On y note aussi la présence d'Adrien de Monluc.
En 1593, après l'abjuration du protestantisme par le roi Henri IV, le parlement de Toulouse posa ses conditions à sa soumission au roi dans deux arrêts rendus au présence du duc de Joyeuse, le 7 février 1595. La tentative de meutre du roi par Jean Châtel le 27 décembre 1594 avait amené le parlement de Paris à ordonner l'expulsion des jésuites du royaume. Un mouvement populaire rejoint par le duc de Joyeuse va s'opposer à cette tentative de paix, entraînant le départ d'une partie du parlement à Caselsarrasin après une protestation de l'avocat général Caumels. Le 5 juin 1595, le roi remporte la bataille de Fontaine-Française contre les Espagnols et le duc de Mayenne,chef de la Ligue. L'absolution du roi Henri IV par la pape Clément VIII, le 16 septembre 1595, enlevait à la Ligue toute justification à sa révolte. L'édit de Folembray de janvier 1596 sur la réduction et pacification du Languedoc va ramener la paix en Languedoc. Les parlemantaires royaliste de Castelsarrasin sont réintégrées dans leur siège à Toulouse en avril 1596 et ceux de Béziers y sont incorporés. Les différents accords passés en France pour ramener la paix avec les Ligueurs ont amenés des transactions qui ont coûté au trésor royal, d'après Sully, près de 10 millions de livres.
La confrérie va alors abandonner son militantisme religieux et se tourner vers la dévotion et le culte de la personne royale.
À partir de 1603 la confrérie n'accepte plus que les notabilités de la ville et de la province.
En 1610 a lieu un service pour "le repos de l'âme d'Henry le Grand". Puis le 30 septembre, jour de la saint Jérôme, les confrères se réunissent dans la chapelle pour le "vœu de la conservation de la sacrée personne du Roy Louis Treizième ... revêtus de leurs habits de pénitents".
Le calme revenant progressivement, les religieux voulurent récupérer leur bien mais les Pénitents bleus décidèrent de rester dans les lieux et y firent construire une chapelle en 1614. Les religieux continuèrent la procédure de récupération de leur bien en entamant une procédure devant le Grand Conseil qui leur donna raison. Les Pénitents durent se résoudre à quitter la chapelle, non sans avoir obtenu le 2 octobre 1620 un dédommagement et l'autorisation de rester dans les lieux jusqu'à la construction d'une nouvelle chapelle.
En 1621, Louis XIII avait entrepris de mater les révoltes de communautés protestantes aidées par certains nobles (Henri II de Rohan). À la fin de l'année 1621, il venait d'échouer dans sa tentative de prendre Montauban, place forte protestante. Il se trouve donc à Toulouse en novembre 1621. Il tient alors à montrer sa foi catholique en adhérant à la confrérie des Pénitents Bleus le 25 novembre 1621. Plusieurs membres de la haute aristocratie le suivirent, le prince de Condé, le duc de Vendôme, le grand prieur de France, le prince de Joinville, le duc d'Elbeuf et le comte d'Harcourt.
En 1622 les opérations militaires continuent dans le Languedoc. Le roi est à Toulouse à la fin du mois de juin. Le 3 juillet il assiste aux vêpres dans la chapelle occupée par les pénitents bleus puis il assiste au départ des membres de la confrérie en habits de pénitents qui se rendent en procession à l'église Notre-Dame-du-Taur.
Le roi pose la première pierre de la chapelle.
La confrérie prend alors le nom de Confrérie royale des Pénitents Bleus.
Réalisation de la chapelle
C'est en septembre 1621 que la confrérie achète à proximité une grande maison avec ses dépendances, un ancien relais de poste appelé le "Logis de la Pomme".
Pour se démarquer des autres confréries, elle va faire le choix d'un architecte réputé, Pierre Levesville, et d'une chapelle rompant avec le plan barlong avec tribunes de bois adopté par les autres confréries de la ville.
Le 7 février 1622 est signé le contrat par lequel l'architecte s'engage à "conduire le bastiment de la chapelle, tribune et gallerie, secrestie et logement des presbtres, conformément au desseing qui a esté faict par icelluy entrepreneur sur une peau de parchemin et modelle qu'il en a faict en relief ...".
Tous les matériaux sont fournis à pied d'œuvre par la confrérie qui paye aussi les maçons et charpentiers. La seule obligation de l'architecte est de mener à bon terme la construction du bâtiment conformément au plan, pour des honoraires de 1 500 livres. D'autres contrats de fournitures de matériaux sont signés peu après.
La chapelle est bénie solennellement le 25 mars 1625, mais les pénitents ne s'y installent qu'en 1627 et le sol de la chapelle n'est carrelé qu'en 1629.
